StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA

1.下载安装 https://bitbucket.org/mroachawri/purge_haplotigs/wiki/Install 1.Dependencies (in no particular order) bedtools $ sudo apt install bedtools $ bedtools --version bedtools v2.26.0 samtools $ sudo apt install samtools $ samtools --version samtools

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址:http://cd-hit.org :http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ : 下载:http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT  去冗余,也可以叫做相似序列的聚类. 简介:CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity with Toler

本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU.   接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表.   什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列

最近一篇NG中使用到的软件,用来去除冗余的contigs,现简单记录. CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件,其主要的特定就是快!(ps:不是所有快的都是好的) 其去除冗余序列的大概思路就是: 首先对所有序列长度进行排序,从最长的开始,形成一个序列类,然后依次对序列进行处理,如果下一条序列和代表的序列相似性在cutoff,则将其加入同一类,否则得到新的类. 所以快主要是两个方面的原因:一个是使用了word过滤方法,即如果两条序列之间的相似性在80%(假设序列长度为100),那么它们至少有60个相

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit

Ballgown是分析转录组差异表达的R包. 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包. Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件,Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件. 一个有5个输入文件,分别是: e_data.ctab,外显子水平表达

SELECT GROUP_CONCAT(md.data1) FROM DATA md,contacts cc WHERE md.conskey=cc.id AND md.mimetype_id= 5 AND md.user_id=17: 利用函数:group_concat(),实现一个ID对应多个名称时,原本为多行数据,把名称合并成一行,如|1 | 10,20,20| 本文通过实例介绍了MySQL中的group_concat函数的使用方法,比如select group_concat(name)

group_concat([DISTINCT] 要连接的字段 [Order BY ASC/DESC 排序字段] [Separator '分隔符']) 以cat_id分组,把name字段的值打印在一行,逗号分隔(默认) 修改分隔符 去冗余 排序

容易忘记的小知识点: Matlab程序首行程序: clear:close all:clc:程序运行开始最好清理下之前残留的各种数据,不然matlab可能会出错. clear(清理变量空间),close all(关掉所有显示的图像figure),clc(清理命令窗口中的显示) Matlab程序换行(一个空格加上3个.即 ...然后直接下一行就可以继续写代码) Matlab下程序计时 如下:tic和toc可以在程序中使用多个,计算各个程序字块的运行时间.还可以嵌套使用... tic;%计时开始 %%

一.CONCAT(str1,str2,…) 返回结果为连接参数产生的字符串.如有任何一个参数为NULL ,则返回值为 NULL. select concat(s_id, "--", s_bar_code) from `t_storage_order_detail` WHERE `s_sn` LIKE '%R2016091200002%' LIMIT 0, 1000; +--------------------------------+| concat(s_id, "--&qu

读书笔记:提高C++性能的编程技术   第1章 跟踪范例 1.1 关注点 本章引入的实际问题为:定义一个简单的Trace类,将当前函数名输出到日志文件中.Trace对象会带来一定的开销,因此在默认情况下不会开启Trace功能.问题是:怎么设计Trace类,使得在不开启Trace功能时引入的开销最小. 1.2 使用状态变量开关功能 用宏来开关Trace功能很简单,在不开启时开销完全没有: #ifdef TRACE Trace trace("aaa"); #endif 缺点是每次开关都需要

国家集训队1999论文集 陈宏:<数据结构的选择与算法效率——从IOI98试题PICTURE谈起>来煜坤:<把握本质,灵活运用——动态规划的深入探讨>齐鑫:<搜索方法中的剪枝优化>邵铮:<数学模型的建立.比较和应用>石润婷:<隐蔽化.多维化.开放化——论当今信息学竞赛中数学建模的灵活性>杨帆:<准确性.全面性.美观性——测试数据设计中的三要素>周咏基:<论随机化算法的原理与设计> 国家集训队2000论文集 陈彧:<信

来自: http://hchmsguo.iteye.com/blog/555543 MySQL中group_concat函数 完整的语法如下: group_concat([DISTINCT] 要连接的字段 [Order BY ASC/DESC 排序字段] [Separator '分隔符']) 基本查询 select * from aa; +------+------+ | id| name | +------+------+ |1 | 10| |1 | 20| |1 | 20| |2 | 20|

#########shell脚本命令#### 1.diff diff file file1 ####比较两个文件的不同 -c ####显示周围的行 -u ####按照一格式统一输出生成补丁 -r ####比较两个文件的不同 patch file file.path ####打补丁 -b ####备份原文件 mnt]# diff westos westos.new -c ###显示周围行 *** westos2016-11-22 04:04:37.782657053 -0500 --- westo

MySQL中concat函数使用方法:CONCAT(str1,str2,…) 返回结果为连接参数产生的字符串.如有任何一个参数为NULL ,则返回值为 NULL. 注意:如果所有参数均为非二进制字符串,则结果为非二进制字符串. 如果自变量中含有任一二进制字符串,则结果为一个二进制字符串.一个数字参数被转化为与之相等的二进制字符串格式:若要避免这种情况,可使用显式类型 cast, 例如:SELECT CONCAT(CAST(int_col AS CHAR), char_col) MySQL的con

经验: cout 特别慢 如果要求速度 全部用 printf !!! 在学习线段树 内容来自:http://www.cnblogs.com/shuaiwhu/archive/2012/04/22/2464583.html 作者Microgoogle 线段树在一些acm题目中经常见到,这种数据结构主要应用在计算几何和地理信息系统中.下图就为一个线段树: (PS:可能你见过线段树的不同表示方式,但是都大同小异,根据自己的需要来建就行.) 1.线段树基本性质和操作 线段树是一棵二叉树,记为T(a, b

参考链接:http://pinkyjie.com/2011/02/24/covariance-pca/ PCA的本质其实就是对角化协方差矩阵. PCA就是将高维的数据通过线性变换投影到低维空间上去,但这个投影可不是随便投投,要遵循一个指导思想,那就是:找出最能够代表原始数据的投影方法. "最能代表原始数据"希望降维后的数据不能失真,也就是说,被PCA降掉的那些维度只能是那些噪声或是冗余的数据. 1:冗余,就是去除线性相关的向量(纬度),因为可以被其他向量代表,这部分信息量是多余的. 2

查询出的日期 加一天,加一周,加一月,加一年 DAY)); WEEK)); MONTH)); YEAR)); 查询出的日期 减一天,减一周,减一月,减一年 DAY)); WEEK)); MONTH)); YEAR)); 模糊查询 返回结果>0则存在 SELECT INSTR('foobarbar', 'bar'); 多列合并成一列 以id分组,把name字段的值打印在一行,逗号分隔 select id,group_concat(name) from aa group by id; 以id分组,把

MySQL中concat函数使用方法:CONCAT(str1,str2,…) 返回结果为连接参数产生的字符串.如有任何一个参数为NULL ,则返回值为 NULL. 注意:如果所有参数均为非二进制字符串,则结果为非二进制字符串. 如果自变量中含有任一二进制字符串,则结果为一个二进制字符串.一个数字参数被转化为与之相等的二进制字符串格式:若要避免这种情况,可使用显式类型 cast, 例如:SELECT CONCAT(CAST(int_col AS CHAR), char_col) MySQL的con

一.定义 语法:ROW_NUMBER() OVER(PARTITION BY COLUMN ORDER BY COLUMN) 简单的说row_number()从1开始,为每一条分组记录返回一个数字,这里的ROW_NUMBER() OVER (ORDER BY xlh DESC) 是先把xlh列降序,再为降序以后的每条xlh记录返回一个序号. 示例: xlh row_num 1700 1 1500 2 1085 3 710 4 二.语法 row_number() OVER (PARTITION B