StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA

代码如下 df = pd.read_csv("../kmeans/gene.fpkm.csv",header=None) print df.head() #去掉第一行 tdf = df.drop(index=[0]) #去掉第一列 mdf = tdf.drop([0],axis=1) #获取第一列作为行的名称 rownames=tdf[0] #获取第一行作为列的名称 gene=df.loc[0][1:] #修改原始数据库的行列名 mdf.rename(index=rownames, c

初始数据类似: 蛋白质组数据虽不是严格的正态分布,但目前最常用的检验方法还是T检验(两组比较)和方差分析(多组比较).这个话题值得深究,这里不展开. 主要是求多个蛋白的Pvalue值或FDR,用于差异筛选. Pvalue <- c() type<-factor(c(rep("S01CC",3),rep("S11SC",3),rep("S12CC",3),rep("S12SC",3))) for(i in 1:nro

  这次,发布清洗列表功能,需要对数据库进行升级.MailingList表加个IfCleaning字段,所有的t_User*表加个IfCleaned字段.   脚本如下 对所有的t_User表执行 alter table t_User** add IfCleaned bit default(0) not null 对Mailing list表执行 alter table t_MailingList add IfCleanning bit default(0) not null   简简单单的两个

代码列子: public ActionResult FindUserByUserId(SysMessageDTO model) { CustomResultMsg customResult = new CustomResultMsg() { ResultValue = 1 }; try { RecordLogExtension.WriteError(model.DateTimeFrom.ToString()+model.DateTimeTo.ToString()); var data = use

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2):2) Read count(多重比对的问题):丢弃平均分配利用Unique region估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对参照系表达量的数值.参照的本质:( 1)假设样本间参照的信号值应该是相同的:( 2)将样本间参照的观测值校

Java 8 lambda表达式示例 我个人对Java 8发布非常激动,尤其是lambda表达式和流API.越来越多的了解它们,我能写出更干净的代码.虽然一开始并不是这样.第一次看到用lambda表达式写出来的Java代码时,我对这种神秘的语法感到非常失望,认为它们把Java搞得不可读,但我错了.花了一天时间做了一些lambda表达式和流API示例的练习后,我开心的看到了更清晰的Java代码.这有点像学习泛型,第一次见的时候我很讨厌它.我甚至继续使用老版Java 1.4来处理集合,直到有一天,朋

转载请注明出处: https://github.com/qiu-deqing/FE-interview Table of Contents generated with DocToc FE-interview $HTML, HTTP,web综合问题 常见排序算法的时间复杂度,空间复杂度 前端需要注意哪些SEO web开发中会话跟踪的方法有哪些 <img>的title和alt有什么区别 doctype是什么,举例常见doctype及特点 HTML全局属性(global attribute)有哪些

from:http://www.ibm.com/developerworks/cn/web/1112_huangxa_websocket/ websocket 规范升级过,在该链接的文章内未提及,后面补充了一些 更新的信息 作为下一代的 Web 标准,HTML5 拥有许多引人注目的新特性,如 Canvas.本地存储.多媒体编程接口.WebSocket 等等.这其中有“Web 的 TCP ”之称的 WebSocket 格外吸引开发人员的注意.WebSocket 的出现使得浏览器提供对 Socket

编写css是前端工作中,一项普通而又频繁的劳动,由于css并不是一门语言,所以在程序设计上显得有些简陋.对于小型项目来说,css的量还不至于庞大,问题没有凸显,而如果要开发和持续维护一个较为大型的项目,那就需要对css进行管理和规范了,否则会发生不可挽回的后果(吓唬谁呢??). 背景上一节[从css谈模块化]我们通过规范的约束,将css的编写方式进行了优化和改进,形成一种可持续发展的路线.但还是遗留了一些问题:冗余.虽然我们通过定义公共模块和私有模块,来委婉地分担common的体积,但commo

1.手写画出系统架构图,系统代码架构,有什么技术难点?  2.手写画出系统部署图 CDN(一般购买别人的服务器会自动CDN,他们自己配置就OK啦) 3.asp.net 的session怎么实现会话共享?SessionId 4.谈谈你对asp.net生命周期的理解? 初始化,加载视图状态,回发数据,加载页面的用户代码,执行回发服务器端事件. 页面生命周期: (1).PreInit:设置master Page.设置主题.初始化控件 (2).Init:此事件发生在所有的控件被初始化以后,读取或者初始化

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Apache Spark探秘:Spark Shuffle实现 http://dongxicheng.org/framework-on-yarn/apache-spark-shuffle-details/ 对于大数据计算框架而言,Shuffle阶段的设计优劣是决定性能好坏的关键因素之一.本文将介绍目前Spark的shuffle实现,并将之与MapReduce进行简单对比.本文的介绍顺序是:shuffle基本概念,MapReduce Shuffle发展史以及Spark Shuffle发展史. (1)

PS:不能完全参考文章的代码,请参考这个文件http://files.cnblogs.com/files/AIThink/Test01.zip 在Java 8之前,如果想将行为传入函数,仅有的选择就是匿名类,需要6行代码.而定义行为最重要的那行代码,却混在中间不够突出.Lambda表达式取代了匿名类,取消了模板,允许用函数式风格编写代码.这样有时可读性更好,表达更清晰.在Java生态系统中,函数式表达与对面向对象的全面支持是个激动人心的进步.将进一步促进并行第三方库的发展,充分利用多核CPU.尽

原文地址:http://wenku.baidu.com/view/b0a61f3ebcd126fff7050b40.html 谷歌page speed 安装使用及页面问题详解 谷歌page speed目前只支持谷歌浏览器和火狐浏览器(火狐浏览器下载地址http://firefox.com.cn/download/) 安装好火狐浏览器和谷歌浏览器. 我们以火狐浏览器为例(相对于谷歌火狐更适合中国用户本人感觉) 1.打开火狐浏览器,左上角进入菜单选项,选择附加组件进入组件界面搜索firebug,搜索

Java 8 发布日期是2014年3月18日,这次开创性的发布在Java社区引发了不少讨论,并让大家感到激动.特性之一便是随同发布的lambda表达式,它将允许我们将行为传到函数里.在Java 8之前,如果想将行为传入函数,仅有的选择就是匿名类,需要6行代码.而定义行为最重要的那行代码,却混在中间不够突出.Lambda表达式取代了匿名类,取消了模板,允许用函数式风格编写代码.这样有时可读性更好,表达更清晰.在Java生态系统中,函数式表达与对面向对象的全面支持是个激动人心的进步.将进一步促进并行

数据结构与算法--从平衡二叉树(AVL)到红黑树 上节学习了二叉查找树.算法的性能取决于树的形状,而树的形状取决于插入键的顺序.在最好的情况下,n个结点的树是完全平衡的,如下图"最好情况"所示,此时树的高度为⌊log2 n⌋ + 1,所以时间复杂度为O(lg n)当我们将键以升序或者降序插入的时候,得到的是一棵斜树,如下图中的"最坏情况",树的高度为n,时间复杂度也变成了O(n) 在最坏情况下,二叉查找树的查找和插入效率很低.为了解决这个问题,引出了平衡二叉树(AV

版本: 1.3.0 update: 2017.9.25 一.编程规约 (一) 命名风格 1. [强制]代码中的命名均不能以下划线或美元符号开始,也不能以下划线或美元符号结束. 反例:_name _name_name / __name__name __name __name / $Object$Object $Object $Object / name_name_ name_ / name$ name$ name$ / Object$ Object$ Object$ Object$2. [强制]代

[三思笔记]全面学习Oracle分区表及分区索引 2008-04-15 关于分区表和分区索引(About PartitionedTables and Indexes) 对于 10gR2 而言,基本上可以分成几类: v  Range(范围)分区 v  Hash(哈希)分区 v  List(列表)分区 v  以及组合分区:Range-Hash,Range-List. 对于表而言(常规意义上的堆组织表),上述分区形式都可以应用(甚至可以对某个分区指定 compress 属性),只不过分区依赖列不能是

更好阅读,请移步这里 聊之前 最近暑期实习招聘已经开始,个人目前参加了腾讯和阿里的内推及百度的实习生招聘,在此总结一下 一是备忘.总结提升,二是希望给大家一些参考 其他面试及基础相关可以参考其他博文: Questions of FE Web basis summary FE knowledge fragment 每位面试官的面试时间基本都在 40-80 分钟,下面先简要介绍各个面试流程,问题详情见具体公司分类 腾讯内推&校招 offer got 首先腾讯分为三面,都为技术面: 初试一个面试官 复

Redux 有三个基本的原则: 1,单一状态树,redux 只使用一个javascript 对象来保存整个应用的状态. 状态树样式如下: const state = { count: 0 } 2,状态是只读的,它的意思不是说不能修改state,如果不能修改状态,那页面就完成静态化了,没有什么作用了,它想表达的是,我们不能直接修改state.修改state的唯一办法是发送一个action,让action 来告诉Redux,  页面上有事情发生了,action也很简单,就是一个JavaScript