我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用10%,低的惊人.后来排除建库失败的可能,我去查看了trim_galo

Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据.通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理.公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程.参数都是根据公司的说明文件来设定的. 软件说明 版本信息 Trim Galore version: 0.4.1 Cutadapt version: 1.11 FastQC version:0.11.3 依赖环境

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,

背景介绍 工作中我用到kotlin写代码,在orm上ktorm是一款非常优秀的操作db的框架,我喜欢用它所以我写了一个插件能够增加我的工作效率,这款idea插件的主体逻辑是.net开发的(没错是跨平台的.net).因为db-schema的解析逻辑我很在以前写的一个visualstudio的插件就搞过了,所以改改就行了! 这里也算是提供给大家另外一个思路去开发idea或者rider插件路吧: 就是不管你用什么语言开发逻辑,然后把你的逻辑打包成可以独立运行,然后使用Process进行套壳调用就行了.

  树莓派是当前最火的嵌入计算平台没有之一,树莓派可以给我们无数的想象,树莓派的高性能.低功耗.低成本.可扩展性(最新的树莓派原生支持WIFI和蓝牙,这功能太赞了)深受大家的喜爱.虽然树莓派到目前为止已经很好安装系统了.但是要想方便的使用和部署开发的软件还是比较麻烦的. 安装环境的话,你的有树莓派硬件(此图为:树莓派3 Model B),你还得需要一个支持HDMI显示器(电视机也可以).HDMI线.MicroSD卡(8G+,Class10+级别).电源适配器(5V.2A+.MicroUSB接口)

一.引言: 在storm发布到0.9.x以后,配置storm将会变得简单很多,也就是只需要配置zookeeper和storm即可,而不再需要配置zeromq和jzmq,由于网上面的storm配置绝大部分都是0.9以前的storm版本,所以有很多工作是不需要进行的,下面就storm的0.9.5版本在linux环境下进行配置进行详细解析. 由于配置storm只需要两个步骤,大大简化了配置,也是storm团队做了很大的努力,让程序员们专注于程序,让storm配置进行异常简单,好了,废话说了不少,下面正

最近一段时间,公司在推行自动化测试流程,本人有幸参与了自定义通用控件的关键字封装和脚本辅助编写.数据驱动管理.测试用例执行管理等一系列工具软件的研发工作,积累了一些经验,在此与大家做一下分享,也算是做一个总结吧,希望能给大家带来启发和帮助.由于业界没有成熟的解决方案可供参考,本人在研究过程中也是摸着石头过河,纰漏之处在所难免,如果大家有更好的方案,敬请不吝赐教. 分布式并行执行用例需求背景 公司的产品属于web app,采用的是Robot Framework + Selenium2Library

本文主要分三部分,分别是:后台核心业务逻辑.桥梁辅助控制和前台显示页面. 本Web开发环境综合了多种工具,包括Maven包管理与编译工具.Dubbo分布式服务框架.MyBatis数据持久化工具.Linner页面管理工具和Handlebars Js模板引擎等前卫的开发工具. 首先介绍一下:后台核心业务逻辑搭建. 1. 后台核心业务逻辑搭建 后台核心业务逻辑大致分为三个层次:最底层的核心数据逻辑层(biz层),中间层Dubbo服务实现层(service-impl层)和Dubbo服务接口层(servi

java jdk:jdk1.5.0_17 下载网址:http://pan.baidu.com/s/1gdmAkgV tomcat 6.0 下载地址:http://tomcat.apache.org/download-60.cgi Axis1.3(注意现在已经版本已经是Axis2,而我们这里使用的是Axis1.x), Axis1.x运行环境要求低于jdk1.6(不包含jdk1.6),tomcat版本低于6.0(包含6.0): 下载地址:http://pan.baidu.com/s/1gdmAkgV

Linux的虚拟内存管理有几个关键概念: Linux 虚拟地址空间如何分布?malloc和free是如何分配和释放内存?如何查看堆内内存的碎片情况?既然堆内内存brk和sbrk不能直接释放,为什么不全部使用 mmap 来分配,munmap直接释放呢 ? Linux 的虚拟内存管理有几个关键概念: 1.每个进程都有独立的虚拟地址空间,进程访问的虚拟地址并不是真正的物理地址: 2.虚拟地址可通过每个进程上的页表(在每个进程的内核虚拟地址空间)与物理地址进行映射,获得真正物理地址: 3.如果虚拟地址对

Laravel在不同的环境调用不同的配置文件   Laravel如何在不同的环境调用不同的配置文件?社区这个问题问的蛮多,如何优雅的方法实现呢,应该有好多方法吧,我一般习惯用两种方法,设置环境变量,或者将环境值写入到.env文件中去,不知道算不算优雅,有更优雅的方式欢迎告知. 1.设置环境变量,比如现在有本地开发和线上两个环境 本地配置php-fpm(比如用php-fpm而不是apache),比如环境变量为DEV_ENV,修改php-fpm.conf env[DEV_ENV]=local 然后设

inux环境PHP7.0安装   PHP7和HHVM比较PHP7的在真实场景的性能确实已经和HHVM相当, 在一些场景甚至超过了HHVM.HHVM的运维复杂, 是多线程模型, 这就代表着如果一个线程导致crash了, 那么整个服务就挂了, 并且它不会自动重启.另外它采用JIT, 那么意味着, 重启以后要预热, 没有预热的情况下, 性能较为糟糕.并且多线程模型调试困难, 这对于追求稳定来说的Web服务来说, 是非常不适合的. Nginx以及PHP7.0之前的版本可以参考此文:Linux环境Ngin

unit MainUnit; interface uses Windows, Messages, SysUtils, Variants, Classes, Graphics, Controls, Forms, Dialogs, StdCtrls, Registry; type TfrmMain = class(TForm) btn1: TButton; edt1: TEdit; lbl1: TLabel; procedure btn1Click(Sender: TObject); private

前几天公司竞一个标要做个POC,前端AugularJs做mobile界面,后端Spring MVC做Restful API供前端调用. 时间紧急,大家都忙,so我这个不写代码的闲人花一上午配了一套Spring MVC的架子. 说实话之前没有从头到尾配过,都是一个现成项目的框架拷来拷去(你们都懂的),中间也遇上了点小问题,都靠度娘摆平了,后来在另外一个兄弟机器上,从0开始十分钟搞定(i7的机器确实快),下面是一些过程与心得.听说现在docker,replication能更快..(嗯,回头研究下)

2014-12-09 Created By BaoXinjian

最近在瞎折腾Unbunt,喜欢这里的干净和静谧.能留在这里,那么就得在这里工作,于是部署javaweb就成了头件大事了. 咨询了大牛,都说不会命令你玩毛玩linux,但是万万没有想到,原来ubuntu也是脑残版的部署. 都知道javaweb需要几件工具: 1,jdk: 2,eclipse; 3:tomcat; 4:mysql; 于是各种百度教程,都是一堆天书,这权限那那命令.如果你也是和我一样,linux白痴又想从头开始学习linux,那么先从第一步部署环境开始吧. 正文: 一:安装jdk和ec

00没有抱怨的世界 周末效率好低,两天没更了,看看这看看那,装了个win10发现触摸板驱动不适配,然后找了好久都不行,23333. AngularJS用的时间很短,高级的用法有点吃不消了,$digest,$watch这种东西的原理看起来好吃力啊,后面还有大把大把的需求要用这个来做了#￥@%#@! 01.先看看效果吧 这里的所有数据相关信息都是直接配置到DB的,作为元数据,包括搜索条件,显示方式,数据过滤器等等,配置目前只实现了几个,加的配置越多,能适用的业务就越广.数据本身也是在DB的,在后台简

学习PHP之前需要先搭建PHP运行的环境(即服务器+PHP+数据库)来使PHP成功运行,具体环境搭建教程可参考pharen(http://www.cnblogs.com/pharen/archive/2012/02/06/2340628.html)的教程(亲测可用),教程中一些资源链接可能已经失效,下面给出部分资源链接:PHP资源:http://windows.php.net/download#php-5.6 Apache(msi安装包)资源:http://archive.apache.org/

原文:Asp.Net2.0下C#环境 Login控件实现用户登录 一.前台显示效果 二.前台代码             <asp:Login ID="Login1" runat="server" BackColor="#F7F7DE" BorderColor="#CCCC99" BorderStyle="Solid"                 BorderWidth="1px&quo

(一)环境迁移说明 1.1   迁移 由于EBS系统开发复杂,一般项目实施都是使用三套或者三套以上的系统,一套作为开发使用系统,一套作为集成测试系统,一套就是企业用的正式环境系统,在项目实施过程中对一些开发所创建的表,同义词,索引,值集,快速编码,并发程序等等内容我们需要从开发环境拷贝到测试环境上去,当测试完成后我们又要拷贝到正式环境上去,这一拷贝过程就叫做迁移.在开发过程中需要拷贝的东西量都比较大,所以迁移不是简单的拷贝 1.2  迁移步骤 1.EBS应用的安装 2.ORACLE用户的创建 3

1.环境配置 安装VsCode 安装包管理工具:直接下载 NodeJS 进行安装即可,NodeJS自带 Npm 包管理工具,下载地址:https://nodejs.org/en/download/安装完成后在命令行执行以下命令查看npm包管理器版本 npm -v npm中文文档:https://www.npmjs.cn/ 配置淘宝镜像 npm install cnpm -g --registry=https://registry.npm.taobao.org 然后执行 cnpm -v 查看版本信