TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用. 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大哥,我就想去去接头.trim一下质量而已,你就不能自动搞了吗.不要给选择困难症的我这么多选择啊. 想自动化?trim_galore 完美的符合了你的需求,无需自己去查接头,全自动质量过滤,噢耶. 还能和mutilqc完美对接,生成网页版报告. 使用比较简单直接: trim_galore --phre

我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用10%,低的惊人.后来排除建库失败的可能,我去查看了trim_galo

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

比对 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from McCarroll laboratory). Reads were aligned to the ENSEMBL release 84Mus musculusgenome. 10x Genomics data was processed using the same pipeline as for

cutadapt 参考:用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头 fastqc可以用于检测,检测出来了怎么办? 看了几篇高水平文章,有不少再用cutadapt,虽然有时候数据真的不错,但是还是要质控一下,修剪一下. cutadapt -a ADAPTER_FWD -A ADAPTER_REV -o out.1.fastq -p out.2.fastq reads.1.fastq reads.2.fastq 待续~

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控.并对实验设计进行了填写和检查.最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析.   接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象:再根据标签序列与实验设计文件比对,对每条序列属于哪个样品进行分类:最后我们切除掉扩增使用的引物,因为它们是人工合成的

这是一个“如有雷同,纯属巧合”的故事,外加一些废话,大家请勿对号入座.开始了…… 我有些尴尬地拿着水杯,正对面坐着来访的王总,他是在别处打拼的人,这几年据说收获颇丰,见移动互联网如火如荼,自然也想着要进来干一场,尽管王总从事的行当也算跟IT沾边,但毕竟太长时间不接触技术,有些东西不太熟,总要咨询下我这个在一线开发混了十几年的老程序员,十几年的开发,有好几种可能性,不过这不是重点,所以暂时忽略掉这个细节吧. 我之所以尴尬,是对王总的需求有些不知如何回答,仿佛陷入了某种习惯性的沉思中. 王总站了起来

SOA服务治理 1.解决业务部门服务冲突和纠纷2.版本定义与版本管理3.服务备案与服务管理4.业务监督与服务监控 SOA的战略目的 一.业务价值胜过技术策略 二.战略目标胜过具体项目的效益 三.内置的互操作胜过定制的集成 四.共享服务胜过特定目标的实现 五.灵活性胜过优化 六.不断演进地提炼胜过在最开始追求完美 SOA管理 服务定义(服务的范围.接口和边界)服务部署生命周期(各个生命周期阶段)服务版本治理(包括兼容性)服务变更(启用和退役)服务注册中心(依赖关系)服务监视(进行问题确定)服务所有

在正文开始之前需要介绍一个人:Sean Sexton. 来自明尼苏达双城的软件工程师,对C#和WPF有着极深的热情.最为出色的是他维护了两个博客:2,000Things You Should Know About C# 和 2,000 Things You Should Know About WPF .听到博客名字就懂这个人有多伟大了吧.他以类似微博式的150字简短语言来每天更新一条WPF和C#重要又容易被遗忘的知识.Follow他的博客也有一段日子了,很希望能够分享给大家. 本系列我不仅会翻译

一.前言 AgileEAS.NET SOA 中间件平台是一款基于基于敏捷并行开发思想和Microsoft .Net构件(组件)开发技术而构建的一个快速开发应用平台.用于帮助中小型软件企业建立一条适合市场快速变化的开发团队,以达到节省开发成本.缩短开发时间,快速适应市场变化的目的. AgileEAS.NET SOA中间件平台提供了敏捷快速开发软件工程的最佳实践,通过提供大量的基础支撑功能如IOC.ORM.SOA.分布式体系及敏捷并发开发方法所支撑的插件开发体系,以及提供了大量的实体.数据模型设计生

前话:在测试这个行业做了挺多年了,都快忘记自己大学的专业是国际经济与贸易,一个选择可能就决定了一生的方向. 但既然做了选择,就走下去. ----------------- 在这么多年的工作中,测试始终是一个门槛相对较低的职业,给人的感觉是缺乏技术性的,随便找个人就能胜任. 在某种环境下,事实的确如此,一些重复行的测试执行,找个会用PC的人来,告诉他点这点那,点出问题告诉我.在游戏测试这个方向,更被理解成游戏测试=玩游戏,许多人认为游戏测试是一份轻松愉悦的工作. 很多公司都有质控部门,称每个做测试

2016年11月30日13:22:26[转] CTO.技术总监.首席架构师的区别 提升自已的能力,比如专业技术,行业发展趋势,技术发展趋势,协调能力,组织能力,管理能力等[技术总监] 需要从技术总监和研发Leader身上剥离职责.让技术总监和研发Leader偏项目管理(管理族),把各个模块之间的架构设计工作,独立出一个岗位,就是架构师,来负责.[首席架构师] 真正的CTO,是软件产品和技术是统一管理的.商业.产品.技术.管理.团队相平衡的综合统管[首席技术官CTO] 一.高级程序员 如果你是一个

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头.过滤低质量reads.去除低质量的3'和5'端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款"老牌子"的质控工具fastx_toolkit,它是一个软件包,包含了多个质控命令,下面我们就逐个讲解其参数及使用: 1. fastq_quality_converter [-h] [-a] [-n

这是一个“如有雷同,纯属巧合”的故事,外加一些废话,大家请勿对号入座.开始了…… 我有些尴尬地拿着水杯,正对面坐着来访的王总,他是在别处打拼的人,这几年据说收获颇丰,见移动互联网如火如荼,自然也想着要进来干一场,尽管王总从事的行当也算跟IT沾边,但毕竟太长时间不接触技术,有些东西不太熟,总要咨询下我这个在一线开发混了十几年的老程序员,十几年的开发,有好几种可能性,不过这 不是重点,所以暂时忽略掉这个细节吧. 我之所以尴尬,是对王总的需求有些不知如何回答,仿佛陷入了某种习惯性的沉思中. 王总站了起

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[HIS] HIT行业常用名词及缩写定义 1.   EHR 居民个人电子健康记录 2.   MPI 居民个人主索引 3.   HIS 医院管理信息系统 4.   CIS 医院临床信息系统 5.   PRM 患者关系管理 6.   LIS 检验信息系统 7.   RIS 放射信息系统 8.   PACS 医学影像存储与传输系统 9.   UIS 超声信息系统 10.EIS 内窥镜信息系统 11.PIS 病理信息系统 12.B/S 浏览器/服务器体系结构 13.C/S 客户端/服务器体系结构 14.

//转载文章,看后有感 我有些尴尬地拿着水杯,正对面坐着来访的王总,他是在别处打拼的人,这几年据说收获颇丰,见移动互联网如火如荼,自然也想着要进来干一场,尽管王总从事的行当也算跟IT沾边,但毕竟太长时间不接触技术,有些东西不太熟,总要咨询下我这个在一线开发混了十几年的老程序员,十几年的开发,有好几种可能性,不过这不是重点,所以暂时忽略掉这个细节吧. 我之所以尴尬,是对王总的需求有些不知如何回答,仿佛陷入了某种习惯性的沉思中. 王总站了起来,把手机递到我面前,说:“你看看,就这样一个APP.”他不