trimgalore后得到两个文件

2024-11-04

使用trim_galore软件遇到的问题

我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用10%,低的惊人.后来排除建库失败的可能,我去查看了trim_galo

putty提供的两个文件传输工具PSCP、PSFTP详细介绍

用 SSH 来传输文件 PuTTY 提供了两个文件传输工具 PSCP (PuTTY Secure Copy client) PSFTP (PuTTY SFTP client) PSCP 通过 SSH 连接,在两台机器之间安全的传输文件,可以用于任何 SSH(包括 SSH v1.SSH v2) 服务器. PSFTP 则是 SSH-2 中新增的特性,使用的是新的 SFTP 协议,使用上与传统的 FTP 类似.事实上 PSCP 如果发现 SFTP 可用,PSCP就会使用 SFTP 协议来传输文件,否则

diff 比较两个文件的差异

功能:比较两个文件的差异,并把不同地方的信息显示出来.默认diff格式的信息. diff比较两个文件或文件集合的差异,并记录下来,生成一个diff文件,这也是我们常说的补丁文件.也使用patch命令对相应的文件打补丁.differential [ˌdɪfəˈrenʃəl] 语法:diff [options] FILESFILES的格式: FILE1 FILE2 :源是一个文件,目标也是文件.这两个文件必须是文本文件.以逐行的方式,比较文本文件的异同处.DIR1 DIR2 :源是一个

PHP两个文件的相对路径

/** * relativePath 计算两个文件的相对路径 * @param file1 参作为考路径 * @param file2 相对于$file1的路径 */ function relativePath($file1, $file2){ $aArr = explode('/', $file1); //explode函数用于切分字符串,返回切分后的数组,此处用'/'切分字符串 $bArr = explode('/', $file2); $aDiffToB = array_diff_asso

给定a、b两个文件，各存放50亿个url，每个url各占用64字节，内存限制是4G，如何找出a、b文件共同的url？

给定a.b两个文件,各存放50亿个url,每个url各占用64字节,内存限制是4G,如何找出a.b文件共同的url? 可以估计每个文件的大小为5G*64=300G,远大于4G.所以不可能将其完全加载到内存中处理.考虑采取分而治之的方法. 遍历文件a,对每个url求取hash(url)%1000,然后根据所得值将url分别存储到1000个小文件(设为a0,a1,...a999)当中.这样每个小文件的大小约为300M.遍历文件b,采取和a相同的方法将url分别存储到1000个小文件(b0,b1...

VS2015使用技巧为什么我们可以输入cw后按两下tab键出现console.writeline

镇场诗: 大梦谁觉,水月中建博客.百千磨难,才知世事无常. 今持佛语,技术无量愿学.愿尽所学,铸一良心博客.------------------------------------------ 为什么我们可以输入cw后按两下tab键出现console.writeline 因为代码段的存在.那么如何查看代码段都有啥呢? 1. 2. 3.存储cw的文件中写了啥? <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> <CodeS

dede 替换后台两个文件去广告

A:替换后台两个文件去广告 dede/templets路径下两个文件 1.index2.htm  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">

BeyondCompare两个文件中同一行字符长度不一致的文件对比,比如pi文件对比(xjl456852原创)

假设有两个文件,里面存放的数字都只有一行,但长度不一样,对比时会有问题示例文件: 对比示例如图: 左边的pi的字符串比较长,右边的比较短. 右边的pi的值不是从开始的第一个位置对比的,这样的情况是有问题的,我将这个问题发给了官方邮件反馈: 解决方案: 需要进行设置才能从开始位置真正的对比(官方邮件回复的答案): 点击: Session -> Session Settings 按钮,切换到Alignment标签. 选择:Patience Diff alignment 即可. 如下图. 设置

ultraedit比较两个文件差异经验

链接地址:http://jingyan.baidu.com/article/fcb5aff7876551edab4a714b.html 程序开发人员经常要使用到两个文件的对比,有很多工具可以实现该功能,今天使用ultraedit给大家演示如何实现该过程. 工具/原料 windows系统 ultraedit安装包方法/步骤下载安装ultraedit,安装好后,桌面出现如下的图标,这个是基本步骤. 点击ultraedit图标,运行程序,出现如下图表,一个程序界面,点击如红色框标示的图标.

比较两个文件不同以及生成SQL插入语句

Tips 做一个终身学习的人! 日拱一卒,功不唐捐. 今天有个小小的需求,具体需求是这样的: 有两个文本文件,每个文件都有一些字符串文本: 比较第一个文件中,在第二个文件中,不存在的字符串文本: 把这些在第二个文件中不存在的文本,拼接成SQL的插入语句,写入到文件中. 具体第一个文件中的内容是这样的: Java Redis Spring Hibernate Spring MVC Dubbo RabbitMq 第二个文件中的内容如下: Java 9 ZooKepper MongoDB Spring

Linux如何查找处理文件名后包含空格的文件

Linux如何查找处理文件名后包含空格的文件当Linux下文件名中出现空格这类特殊情况话,如何查找或确认那些文件名后有空格呢? 又怎么批量替换处理掉这些空格呢? 方法1: 输入文件名后使用Tab键,如果使用Tab键后面出现\ \ \这样的可见字符,那么该文件名包含空格.当然,这个方法弊端很大,例如,效率低下,不能批量查找,只有当你怀疑某个文件名后有空格,这个方法才比较凑效.另外,不能查找文件中间包含空格的文件名.如下测试所示: [root@DB-Server kerry]# cat >&quo

【转载】C#代码开发过程中如何快速比较两个文件夹中的文件的异同

在日常的使用电脑的过程中,有时候我们需要比较两个文件夹,查找出两个文件夹中不同的文件以及文件中不同的内容信息,进行内容的校对以及合并等操作.其实使用Beyond Compare软件即可轻松比较,Beyond Compare中文版是一款专业的文本文件对比工具,可以高效的针对文件.文件夹.表格.mp3.图片.数据.注册表等文件并进行比较.合并.同步分析等操作. 以前使用过Beyond Compare来合并两个不同的代码版本信息,通过文件夹的比较很容易的给你标志出两个文件中的文件的不同,并标志出每个文

利用python实现两个文件夹的同步

其实无论windows还是Linux,简单地去实现两个两个文件夹的同步只需系统自带的复制命令加参数就可以了. WINDOWS : xcopy 源文件夹\* 目标文件夹 /s /e /y Linux : cp -r 源文件夹/* 目标文件夹这里使用python来实现这些基本功能,并增加一些去重之类的增强功能. 1.复制源文件夹中文件至目标文件夹要想同步两个文件夹中的数据,基本思路首先需要遍历源文件夹中的信息,将源文件夹中的文件复制到目标文件夹. 遍历文件夹采用os中的listdir函数就可以了

Hadoop ha CDH5.15.1-hadoop集群启动后，两个namenode都是standby模式

Hadoop ha CDH5.15.1-hadoop集群启动后,两个namenode都是standby模式作者:尹正杰版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一说起周五,想必大家都特别开心对吧?其实我也很开心呀-眼看还剩下一个小时就下班了.然而在这一个小时内,我都心里活动真的是跌宕起伏呀-不是因为放假,而是身为一名大数据运维技术人员需要替公司大数据生态圈中面临都各种问题. 这不,遇到了一个奇葩的问题,让我花了接近一个小时才处理完呢!深感惭愧啊,要是有小伙伴遇到跟我同样的问题,别慌

diff比较两个文件 linux

功能:比较两个文件的差异,并把不同地方的信息显示出来.默认diff格式的信息. diff比较两个文件或文件集合的差异,并记录下来,生成一个diff文件,这也是我们常说的补丁文件.也使用patch命令对相应的文件打补丁.differential [ˌdɪfəˈrenʃəl] 语法:diff [options] FILES FILES的格式: FILE1 FILE2 :源是一个文件,目标也是文件.这两个文件必须是文本文件.以逐行的方式,比较文本文件的异同处. DIR1 DIR2 :源是一

Linux shell 计算两个文件的并集、交集、差集

假设我们现在有两个文件 a.txt .b.txt a.txt 中的内容如下: a c 1 3 d 4 b.txt 中的内容如下: a b e 2 1 5 # Example 01 计算并集: [root@VM_81_181_centos ~]# sort -u a.txt b.txt 1 2 3 4 5 a b c d e [root@VM_81_181_centos ~]# # Exmaple 02 计算交集: [root@VM_81_181_centos ~]# grep -F -f a.t

linux比较两个文件是否一样(linux命令md5sum使用方法)

1.简介 MD5算法常常被用来验证网络文件传输的完整性,防止文件被人篡改.MD5 全称是报文摘要算法(Message-Digest Algorithm 5),此算法对任意长度的信息逐位进行计算,产生一个二进制长度为128位(十六进制长度就是32位)的“指纹”(或称“报文摘要”),不同的文件产生相同的报文摘要的可能性是非常非常之小的. 在linux或Unix上,md5sum是用来计算和校验文件报文摘要的工具程序.一般来说,安装了Linux后,就会有md5sum这个工具,直接在命令行终端直接运行.

IOS7.1-7.1.1越狱后无法读取越狱文件的解决办法

IOS7.1-7.1.1越狱后无法读取越狱文件的解决办法申明: 下面安装PP源的方法已经失效,请不用按照下面的方法操作. 更新最新的方法,在cydia中搜索源 apple file conduit “2” ,安装完成即可解决. 1,首先在手机上运行越狱程序cydia,等待加载完毕后,添加PP源 apt.25pp.com 2,添加成功之后,返回源列表,找到PP助手源,点击计入后我们选择全部软件包 3,进入后下拉,找到PP助手afc2补丁和PP助手ipa补丁,可先安装ipa补丁

linux比较两个文件的不同（6/21）

cmp 命令:比较任意两个类型的文件,且吧结果输出到标准输出,默认文件相同不输出,不同的文件输出差异必要参数 -c 显示不同的信息-l 列出所有的不同信息-s 错误信息不提示选择参数 -i<字符数> 指定字符数目-v 显示版本信息--help 显示帮助信息 [函数的返回值] 0 :文件时同样的1 :文件是不同的>1:发生错误 comm将逐行比较已经排序的两个文件.显示结果包括3列: 第1列为只在file1中找到的行;第2列为只在file2中找到的行;第3列为两个文件的公用行. 参数

linux 处理两个文件的并集,交集,计数

linux:使用comm命令比较两个文件：交集、差

linux:使用comm命令比较两个文件:交集.差 comm命令可以按行比较两个排序好的文件,输出有3列:第一列是file1独有的.第二列是file2独有的,第三列是两者都有的,简单语法如下:NAMEcomm-comparetwosortedfileslinebylineSYNOPSIScomm[OPTION]...FILE1FILE2DESCRIPTIONComparesortedfilesFILE1andFILE2linebyline.Withnooptions,producethree-c

trimgalore后得到两个文件

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