官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html 1.genome brower的作用 a,展示任何尺度的基因组片段.比如,想看某条染色体的某个区域的序列. b,展示某些位置的annotation tracks.比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性. annotation tracks展示在基因组坐标的下方. ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半

打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据所在位置. 点击Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc)后继续点击Standard genome sequence files and select annotations (2bit, GTF

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a

UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息,并提供一系列的网页分析工具. 1.MySQL安装 本人使用的是Centos6.8系统,推荐使用yum安装. $ yum install -y mysql mysql-devel mysql-server 2.MySQLdb安装 MySQLdb是MySQL的一个线程兼容接口,提供了python数据

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个专题来讲解它的用法,其实它能实现的需求,我们写脚本都是可以做的,而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力. BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具.而genomic features通常使用Browser Extensib

生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对. PSI-BLAST最灵敏的BLAST,选中部分矩阵后在数据库中查找相应蛋白. PHI-BLAST找氨基酸motif ,参数有-db 数据库,-query 输入文件,-cut输出文件 Ensembl模式生物数据库:biomark UCSC genome browser,各种基因组参数:CG content等可以展开. Ebi:ensembl也在其中. 一个gene: DNA水平:基因名字UCSC找位置

First step, installation: download from UCSC genome browser chmod + x Second, very important: to download the "Chain File". What is "chain file"?  --- to transfer the gene data from one build to another . for example, from hg19 to hg18

ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.Differential analysis 5.Peak gene 6.Pathway analysis 7.Data visualization 1.Alignment base calling——Off-Line Basecaller software (OLB V1.8.0). Solexa C

http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial [怪毛匠子 整理] ChIP-seq[核心分析 下游分析] Core Analysis : Peak detection: Split raw data then run ChIPseeqer Core Analysis : Quality Control: QC analysis for the raw reads (after Split raw

1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列.每行的数据格式要求一致(见下图). 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致. BED文件结构:-------------------------------------------------------------必须有以下3列------------

##Genomic sequence variation ###1000 Genomes Projecthttp://www.1000genomes.org/Data collection and a catalog of human variation ###dbSNPhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/A catalog ofSNPs and short indels ###dbVar and Database of Genomic Varian

转载:http://www.zilhua.com/2081.html 参考资料:http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/NGS/software.htm 1. Mapping BFAST: A fast and accurate tool for mapping of short reads to reference sequences. BWA: A fast light-weighted tool that aligns short nucleotide seque

http://exploredegrees.stanford.edu/coursedescriptions/cs/ CS 101. Introduction to Computing Principles. 3-5 Units. Introduces the essential ideas of computing: data representation, algorithms, programming "code", computer hardware, networking, s

常看常遇见之一——BS架构VS CS架构 1.BS架构 即Browser/Server(浏览器/服务器)结构,是随着Internet技术的兴起,对C/S结构的一种变化或者改进的结构.在这种结构下,用户界面完全通过WWW浏览器实现,一部分事务逻辑在前端实现,但是主要事务逻辑在服务器端实现,形成所谓3-tier结构,用浏览器打开的系统,靠浏览器才能访问的程序 : 2.CS架构 即Client/Server(客户机/服务器)结构(静态客户端程序(client)和服务器(server) ),必须电脑本地

引自:http://blog.csdn.net/xiaoqforever/article/details/27695569 1,登录后默认自动选中My Objects 默认情况下,PLSQL Developer登录后,Brower里会选择All objects,如果你登录的用户是dba,要展开tables目录,正常情况都需要Wait几秒钟,而选择My Objects后响应速率则是以毫秒计算的. Tools菜单 --> Object Brower Filters,会打开Brower Folders

链接附带的是ucsc各种格式文件的说明,以后遇到新类型的文件可以先来这里看看! https://www.genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html

ENCODE数据库用于存放基因组原件,所有的测序数据(原始数据以及每一步处理后的数据以及最终的结果)都是开放下载的.假如说去官网下载的话会比较麻烦,这里可以通过UCSC的数据库下载(真的是神器啊)!下面介绍方法: https://www.genome.ucsc.edu/ENCODE/downloads.html 直接在这个网址里面下载就可以了,里面有hg19版本的说有注释信息,非常全哦!

前言 本文中的题目来源于网上的一篇文章<百度搜索 "Java面试题" 前200页>,但该文章里面只有题目,没有答案.因此,我整理了一些答案发布于本文.本文整理答案的原则是尽量做到精简.点到即止(因为一般面试题的试卷里面的作答区域有限).如果你有更好的答案,欢迎在评论区指出,或者给Github仓库提PR. 本文永久更新地址:https://github.com/nnngu/LearningNotes/blob/master/Interview/03%20%E7%99%BE%E