官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html 1.genome brower的作用 a,展示任何尺度的基因组片段.比如,想看某条染色体的某个区域的序列. b,展示某些位置的annotation tracks.比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性. annotation tracks展示在基因组坐标的下方. ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半

这是一个进化学上的概念,基因组的序列是不断进化而来的,根据45个脊椎动物的基因组序列,通过多重比对,我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性,一些高度保守的区域可以做非常有意思的下游分析. This directory contains compressed phastCons scores for multiple alignments of 45 vertebrate genomes to the human genome, plus an alternate set of scores 

有什么特征可以帮助我们来区分导致功能和表型变化的变异和其他变异,然后我们如何综合特征来做出一个预测模型? 表型或功能的改变(phenotypical/functional effect)a,个体表型上的体现(导致疾病的或不导致疾病的)b,演化上的概念(它是不是会影响这个人的适应性,deleterious,还是说它对人的 这个 适应性没有影响,即neutral)c,特征(比如头发,身高)…………一般来说,蛋白序列的改变,它就更有可能结构和功能的改变,就更有可能在细胞水平的改变,可能最终造成人的各个

打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据所在位置. 点击Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc)后继续点击Standard genome sequence files and select annotations (2bit, GTF

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

1.将xml转换为DataTable string path = "";//xml的位置StringReader sr = null;XmlTextReader xmlReader = null;if (File.Exists(path+"文件名")){    XmlDocument xmlDoc = new XmlDocument();    xmlDoc.Load(path+"文件名");    DataSet ds = new DataSe

1.启动和停止服务 一)启动和停止 #启动服务: $sudo service mysql start #停止服务: $sudo service mysql stop 二)创建和选择数据库 [创建数据库] mysql> create database testdb; Query OK, row affected (0.01 sec) mysql> create database testdb default character set 'utf8';Query OK, 1 row affecte

原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个专题来讲解它的用法,其实它能实现的需求,我们写脚本都是可以做的,而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力. BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具.而genomic features通常使用Browser Extensib

Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进化速度上的差异(因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现)). Sequencing 需要以下两种策略叠加: 1.Pooled genome sequence strategies :测同一物种的不同个体,不同个体叠加. 2.representative genome assembly approac

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a

UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息,并提供一系列的网页分析工具. 1.MySQL安装 本人使用的是Centos6.8系统,推荐使用yum安装. $ yum install -y mysql mysql-devel mysql-server 2.MySQLdb安装 MySQLdb是MySQL的一个线程兼容接口,提供了python数据

http://poj.org/problem?id=1611 水题 题意:就是找一共有多少个人感染了,0是感染学生的编号. #include <stdio.h> #include <string.h> #define maxn 30005 int m,n; int belg[ maxn ]; int Find(int x) { int _x=x,_b; while( _x != belg[ _x ] ) _x = belg[ _x ]; while( x != belg[ x ]

在用python3求0~n之间的素数时,关于filter用法的有点模糊,于是上网查了一下filter用法. 求0~n之间素数的脚本prime.py: def f(x): plist = [0,0] + list(range(2,x+1)) for i in range(2,x): if plist[i]: plist[i+i::i] = [0]*len(plist[i+i::i]) return filter(None,plist) print(list(f(1000))) 关于filter不是

python列表与元组的用法 目录: 列表的用法: 1.增   append   +    extend 2.删  del    remove 3.改   insert 4.查  index 5.反向  reverse 6.排序   sort 7.列表生成式   #[i*i for i in range(10)]       [i*i for i in range(10) if i>5] 元组的用法: count:计算某个元素出现的个数 index:查 1.列表的用法 成绩管理系统 方法一: #

http://poj.org/problem?id=1182 Description 动物王国中有三类动物A,B,C,这三类动物的食物链构成了有趣的环形.A吃B, B吃C,C吃A. 现有N个动物,以1-N编号.每个动物都是A,B,C中的一种,但是我们并不知道它到底是哪一种. 有人用两种说法对这N个动物所构成的食物链关系进行描述: 第一种说法是"1 X Y",表示X和Y是同类. 第二种说法是"2 X Y",表示X吃Y. 此人对N个动物,用上述两种说法,一句接一句地说出

题目可以表述成:给定一个无向图G,每次删除它的一个点和与点相关的边集,每次询问该操作后图G的连通度(连通分量的个数).和上一题一样都是考察逆向思维,虽然删除点的做法不会,但是每次加点后询问连通度却是并查集的经典用法,所以答案可以逆过来推,具体做的时候每次加入一个点,将所有和这个点有边相连的点集合并,然后输出当前有多少个集合.细节部分需要注意的是由于点的数量十分庞大,邻接表是十分有必要的 #include<iostream> #include<cstdio> #include <

并查集的神奇用法:[JSOI2008]最大数 Description 现在请求你维护一个数列,要求提供以下两种操作: 1. 查询操作. 语法:Q L 功能:查询当前数列中末尾L个数中的最大的数,并输出这个数的值. 限制:LL不超过当前数列的长度.(L > 0)(L>0) 2. 插入操作. 语法:A n 功能:将nn加上tt,其中tt是最近一次查询操作的答案(如果还未执行过查询操作,则t=0t=0),并将所得结果对一个固定的常数DD取模,将所得答案插入到数列的末尾. 限制:nn是整数(可能为负数

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl