Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库,包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库: 其中swiss-prot 是手工核对过的 ,非冗余, 有详细注释信息的蛋白数据库,也是最常用的数据库: 该数据库收录了不同物种的蛋白信息,以人类为例, 数据库中可以看到如下的信息: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=*&fil=organism%3A%22Homo+sapiens+%28Human%29+%5B9606%5D%2

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 refseqRefSeq protein sequences from NCBI’s Referenc

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

目录 1. eggNOG简介 2. eggNOG-Mapper注释原理 3. eggNOG 5.0数据资源 4. eggNOG-Mapper使用 5. NOG.KOG.COG.KEGG.GO区别? 1. eggNOG简介 最近考虑到所用的一些数据库太旧了,需要更新.在整理的时候发现eggNOG数据库在去年的时候已经做了一次更新eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology reso

格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre

Kaiju: Fast and sensitive taxonomic classification for  metagenomics   问题描述:However, nucleotide comparison using a fixed k-mer length often lacks the sensitivity to overcome the evolutionary distance between sampled species and genomes in the referen

参考了众多文章并结合实际操作后的感想. 参考:http://www.plob.org/2013/09/18/6174.html 参考:http://www.plob.org/2012/06/12/2207.html Orthomcl需要的linux详细配置,简单叙述. 系统:unix BLAST Database:oracle 或 mysql 内存4G,硬盘100G perl: DBI module 和 DBD-mysql MCL程序 详细操作过程及需要注意的点: 1.数据库安装和配置 我用的m

最近要做一个跟生物有关的项目,隔行如隔山呀,好多工具以前都没听过,blast分到我头上啦,查查,查查 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明. 这个链接下有很多加入了blast功能的生物网站:https://www.plob.org/article/6674.html, blast官网: ht

题目:MHCquant: Automated and reproducible data analysis for immunopeptidomics 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:October 7, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00313 分享人:陈洁 本次分享的文章的题目是:MHCquant: Automated and reproducible data analysis for immunopeptido

文献名:Proteomic Profiling of Rhabdomyosarcoma-Derived Exosomes Yield Insights into Their Functional Role in Paracrine Signaling(源于横纹肌肉瘤的外泌体的蛋白质组学分析用于深入了解其在旁分泌信号转导中的作用) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: (2019年8月) IF:3.78 单位: 黎巴嫩大学,黎巴嫩 贝鲁特美国大学儿童和青少年

文献名:Utilization of the Proteome Data Deposited in SRMAtlas for Validating the Existence of the Human Missing Proteins in GPM(利用SRMAtlas中的已有的蛋白质组数据验证GPM中人类缺失蛋白的存在) 期刊名:journal of proteome 发表时间:2019.10.24 IF:3.780 单位: 1.日本Niigata大学 2.开罗Al-Azhar大学 物种:人类

题目:Improving Silkworm Genome Annotation Using a Proteogenomics Approach 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:June 28, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00965 分享人:张霞 内容与观点: 1. 文章研究概述 桑蚕是一种重要的经济昆虫,并作为鳞翅目模式昆虫用于基础研究.作者通过以往的研究发现,目前对于桑蚕的基因测序和组装研究已基本解决,在基因注释

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa

GlimmerHMM指南 官方用户手册 GlimmerHMM是一种De novo的新基因预测软件. 新基因发现基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM). GlimmerHMM把一个基因看做几种特征序列(状态)的有序切换,这些特征序列包括内含子,基因间隔区,四种外显子(第一个外显子,中间的外显子,最后一个外显子,唯一的外显子),切换的过程形成马尔科夫链. 特征序列内部序列基于Nth-order interpolated Markov models (IMM)

http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动态网页开发技术,要用它完成实践项目工程的开发,需要掌握的知识点比较多.为了让读者对JSP这一开发技术的知识体系有个全面.清晰的了解,为后续的学习打下基础,本章将首先讲述作为一名JSP程序员应该掌握的技术知识体系和本书的内容安排.接着,对JSP技术进行了简要的介绍,使读者了解JSP技术的功能和优势.读

Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写,是信息最丰富.资源最广的蛋白质数据库. UniprotKB由两部分组成: UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的.手工注释的.非冗余的数据集,这些数据都是由质量保证的. UniProtKB/TrEMBL 该数据集包含高质量的计算分析结果,需要我们手工注释.     当我们搜索蛋白质时,就会如下显示多个蛋白质的信息:   Entry:是Uniprot给每个蛋白质赋予的独一无二的ID Entry name:是蛋白ID的简

Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时,会把reads比对到RefSeq的转录组上.我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别. 文章:Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming 方法:For differential expression analysis, we aligne

首先介绍下两种方法: 一.本地分析 1.在STRING数据库下载人的互作文件,如下图,第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2.在本地电脑上(linux),用grep 检索该蛋白的互作关系:ENSP00000359708 ,发现结果是空 二.直接到STRING数据库进行互作关系分析 1.检索网址 (1)这个支持多个基因ID或者蛋白ID https:/

生物医学大数据-蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异.比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少. 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音. 方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰XIC,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信

最早关注蛋白质互作网络,是在来GDMC第一年的时候,中间停了半年看互作-各种算法,网络分析停滞不前,没想到搞到最后,还是和网络碰到了一起,我总是会潜意识走近给自己第一印象不错的object,包括人.用PPI来做证据,当然要选择证据性最强的网站,先列表如下:1. DIP (database of interacting proteins)    http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 在页面点击   Search by:[protein] [sequenc