嵌合体序列指在pcr过程中,两条不同的序列产生杂交扩增的序列,属于人工污染,在ITS和16S分析中,应该首先去除,USearch提供去除嵌合体的功能 usearch -uchime_ref reads.fna -db reference.fna -strand plus -nonchimeras nonchimeras.fna usearch 链接:http://drive5.com/usearch/manual/uparse_cmds.html 同时usearch提供更加可靠的聚类方案(未详考

转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html 嵌合体序列:由来自两条或者多条模板链的序列组成,示意图如下: 在PCR反应中,在延伸阶段,由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现,以上图为例, 在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为其相似序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列: 在放一张具体一点的示意图,不完全延伸产生的序列作为下一轮PCR反应的产物,

本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU.   接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表.   什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列

2016年10月5日企业面试题:cp 命令复制文件是如果有覆盖可能的话如何去除确认步骤,如:将/mnt/text.txt 复制 到/temp/text.txt,去除覆盖确认命令.方法:1.加全路径的cp命令,/bin/cp /mnt/text.txt /temp/text.txt.2.在命令前增加\,\cp /mnt/text.txt /temp/text.txt总结,其实cp命令就是/bin/cp -i 命令的别名,linux中为命令起一下别名用alias命令 ,删除别名用unalias,最好

声明 My Eclipse 2015 程序版权为Genuitec, L.L.C所有. My Eclipse 2015 的注册码.激活码等授权为Genuitec, L.L.C及其付费用户所有. 本文只从逆向工程的兴趣出发,研究软件保护机制. 不会释出完整源代码和破解补丁. 会直接推测出授权信息的地方打码处理 本文针对My Eclipse 2015 Stable 2.0或CL版本 背景 在上篇博文中,我们针对My Eclipse 2015,熟悉了其软件运行特点,并完成了以下几件事: 搭建了静态分析环

使用eclipse的快捷键自动生成的代码,经常有这样的注释. 一眼看上去这个注释和一般的注释并无什么差别,不过TODO这个字符串的颜色不一样,应该有些内容.TODO是eclipse中提供的一种任务标签,用来标记一些待做的事情.先去看下eclipse中的标签:        步骤一:WINDOW->preference->java->complier->task tags 可以看到这些标签可以由用户自己配置,可以有三种优先级:高,一般,低.对话框的下面还有一个标签是否大小写敏感,默认

EclipseIDE--使用整理.. ---------------- /--------------------习惯上的字体使用,华文中宋GeorgiaCambria华文中宋/----------------------------------------------- 1.关于字体的设置:Cambria--常规--14-------------------------------- 2.Eclipse右键菜单中的新建菜单怎么设置初始化选项?打开Window——Customize Perspe

首先我得承认,关注tesseract-ocr, 是冲着下面这篇文章的噱头去的,26行groovy代码破解网站验证码 http://www.kellyrob99.com/blog/2010/03/14/breaking-weak-captcha-in-slightly-more-than-26-lines-of-groovy-code/ 当然,看了之后才知道,原来是调用了三方库tesseract-ocr…… http://code.google.com/p/tesseract-ocr/ 尽管如此,

参考网站: http://www.iyunv.com/thread-64847-1-1.html http://acooly.iteye.com/blog/1993484 1         检查系统时区是否正确 在中国,正确的时区应为 CST(Chinese Standard Time),也就是我们通常所说的北京时间. 那么中国当地的时间晚上8点的话,我们可以有下面两种表示方式 20:00 CST 12:00 UTC 因为中国处在UTC+8时区,依次类推,在UTC标准时间,就是12:00. 不

随着Spark的逐渐成熟完善, 越来越多的可配置参数被添加到Spark中来, 在Spark的官方文档http://spark.apache.org/docs/latest/configuration.html 中提供了这些可配置参数中相当大一部分的说明. 但是文档的更新总是落后于代码的开发的, 还有一些配置参数没有来得及被添加到这个文档中, 最重要的是在这个文档中,对于许多的参数也只能简单的介绍它所代表的内容的字面含义, 如果没有一定的实践基础或者对其背后原理的理解, 往往无法真正理解该如何针对

来自知乎Live-孟浩巍 1.文章重要技术及图讲解 首先在转录组RNA-seq中,有基因表达差异.基因融合.可变剪切.RNA单点突变. 在基因组中,单点变异.结构变异,CNV变异(拷贝数变异) 三类基本内容,主要是RNA-seq的分析. 从生物水平角度理解肺癌,掌握RNA-seq的建库流程 ,单细胞的建库流程和方法. 这个是通过热力图的方式,找出5种细胞中的特异性的gene marker,什么是基因标记,在某一个stage或者细胞内特异性表达的基因是基因marker. 0-15图标是取过log的

1. 性能优化面对的挑战 以下是整个PaaS平台的架构 其中主要包括这些子系统: 微服务治理框架:为应用提供自动注册.发现.治理.隔离.调用分析等一系列分布式/微服务治理能力,屏蔽分布式系统的复杂度. 应用调度与资源管理框架:打通从应用建模.编排部署到资源调度.弹性伸缩.监控自愈的生命周期管理自动化. 应用开发流水线框架:打通从编写代码提交到自动编译打包.持续集成.自动部署上线的一系列CI/CD全流程自动化. 云中间件服务:应用云化所需的数据库.大数据.通信和应用中间件服务:通过服务集成管控可集

问题: 爬n阶楼梯,每次只能走1阶或者2阶,计算有多少种走法. 暴力计算+记忆化递归. 从位置 i 出发,每次走1阶或者2阶台阶,记录从位置 i 出发到目标 n 所有的走法数量,memoA[i] .记录的数据可以重复使用,避免冗余计算. 时间复杂度:O(n).每次计算从 i 位置出发到终点 n 的走法,共计算 n 次,即树形递归的大小为n. 空间复杂度:O(n).使用了长度为 n 的数组. clock_t start1, end1; class Solution { public: int cl

目录 1,判断类型 1.1 类和委托 1.2 值类型 1.3 接口 1.4 数组 2, 类型成员 2.1 类 2.2 委托 2.3 接口 [微信平台,此文仅授权<NCC 开源社区>订阅号发布] 本篇主要研究类型.类型成员的各种信息和标识,通过反射的操作将信息解析出来. 本文主目的的通过反射操作,生成输出类似下图的信息. 在此之前记一下: C# 中的访问修饰符:public.private.protected.internal.protected internal. C# 两个成员关键字 rea

去除内嵌tomcat和添加jsp依赖 去除内嵌tomcat 在springboot启动依赖中去除内嵌tomcat <dependency> <groupId>org.springframework.boot</groupId> <artifactId>spring-boot-starter-web</artifactId> <!-- 移除嵌入式tomcat插件 --> <exclusions> <exclusion&

1.开打utorrent,依次点击选项->设置->高级. 在“高级”界面中,你会看到“过滤器”,在“过滤器”右侧的框中输入“offers”. 这时会在下面框中看到“offers.left_rail_offer_enabled”和“offers.sponsored_torrent_offer_enabled”,把它们的数值都改成false后点击确定, 就会发现广告不见了. /去除顶部广告 offers.sponsored_torrent_offer_enabled 值由True改为Flase.

摘自:http://www.ruanyifeng.com/blog/2013/06/rsa_algorithm_part_one.html(可到原网址查看秘钥生成原理) RSA算法原理(一) 因为它是计算机通信安全的基石,保证了加密数据不会被破解.你可以想象一下,信用卡交易被破解的后果. 进入正题之前,我先简单介绍一下,什么是"公钥加密算法". 一.一点历史 1976年以前,所有的加密方法都是同一种模式: (1)甲方选择某一种加密规则,对信息进行加密: (2)乙方使用同一种规则,对信息

好些日子没整理知识了,许多新东西不整理出来时间一长就淡忘了.看来以后得继续坚持整理. 配置XAMPP多端口.多站点如下步骤: 多端口: (一个域名下同时配置多个端口,从而达到访问不同程序) 效果例如: 1.8080端口下安装discuz论坛程序,用http://localhost:8080访问. 2.8081端口下安装WordPress博客程序,用http://localhost:8081访问. (1).修改http.conf 在C:\XAMPP\apache\conf  里的httpd.con

1. 从Google Code加载jQueryGoogle Code上已经托管了多种JavaScript类库,从Google Code上加载jQuery比直接从你的服务器加载更有优势.它节省了你服务器上的带宽,能够很快的从Google的内容分布网络(CDN)上加载JS类库.更重要的是,如果用户访问那些发布在Google Code上的站点后它会被缓存下来.这样做很有意义.有多少站点使用了没有被缓存的相同jQuery副本,而这些很容易做到,引入: <script type="text/java

最近发现由于自己不良的安装软件的习惯,shell的PATH路径包含了很多冗余的项.这里使用shell命令去除PATH的冗余项. export PATH=$(echo $PATH | sed 's/:/\n/g' | sort | uniq | tr -s '\n' ':' | sed 's/:$//g') 上面的代码可以去除linux环境变量中的重复项. 最近查看环境变量时,发现PATH中包含了很多重复项,而在~/.bashrc中又没有看到什么重复的指令,只好手动去重了. 起先在网上看到有人使用