vcf怎么看某一个SNP位点

2024-08-30

如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？

目录需求示例文件代码实现补充说明需求客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

寻找与疾病相关的SNP位点——R语言从SNPedia批量提取搜索数据

是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性.SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息.我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病,症状来寻找相关的SNP. 初次使用SNPedia SNPedia主页网址为http://snpedia.com/index.php/SNPedia,比如我想

今天我看了一个H5游戏EUI的例子，我都快分不清我到底是在用什么语言编译了代码了，作为刚刚学习H5游戏开发的菜鸟只能默默的收集知识

今天看了一个EUI的demo,也是接触H5游戏开发的第五天了,我想看看我能不能做点什么出来,哎,自己写果然还是有问题的.在看EUI哪一个demo的时候就遇见了一些摇摆不定的问题,我觉得提出来 1.toast 当时看见它的时候我不确定是不是我以为的那样,所以就百度了一下,果然它就是我印象中android里面的一种显示信息的机制.(ps:真的是一门汇聚大千语言的技术啊)toast是没有焦点的而且toast显示的时间有限,过一会儿就会自动消失.toast主要用于向用户显示提示消息.项目中它用了一个To

plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值（LD）

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386 D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0

(史上最全)SNP位点与转录因子结合特异性数据库：GVATdb

众所周知,全基因组关联分析(GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是. 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https://gtexportal.org/home/)查询. 2)是否影响增强子活性可通过之前的推文查询:感兴趣的SNP/区域上是否有增强子/转录因子?增强子/转录因子调控哪个靶基因?(EnhancerDB) 3)是否影响

C#面试-关于const和readonly（看了一个点赞很多的帖子有感而发！）

前景提要: 最近大家都在面试,讨论最多.最基础的问题,莫过于“关于const和readonly常见的笔试题剖析”,等等的大牛解析.我就是一个小菜,只不过,有点不敢苟同大牛的意见.废话少说,进入重点. 小斗大牛: 关于const和readonly常见的笔试题剖析(http://www.cnblogs.com/wolf-sun/p/3599209.html) 上个帖子有牛回我,有些偏激,可能有点吧,但是我不想看到所谓大牛,误人子弟,而且还说的糊里糊涂! 我只是一只小菜鸟!带着怀疑的精神,来探究问题!

独立看第一个C++程序到最终结果log----2019-04-16

(如果一个人夸你,千万别相信,一个人真优秀是不需要说出来的,所以别人夸你的时候也是自己最松懈的时候,千万不能飘,只能说明自己不是很差而已,世界上优秀的人很多,一直优秀到最后的人却是凤毛菱角. 如果一个人批评你时,却值得注意,一群人真心的批评你是,就要自己好好思考一下,跟别人聊聊,求求心得,如果还是觉得自己对,就带动大家一起干吧,证明给自己看! 要么自己错了,要么坚持,都离不开团队). 参考: 1.C++ Virtual详解 :http://www.cnblogs.com/xd502djj/arc

独立看第一个C++程序到最终结果log----2019-04-15

本文纯为本人记录,有网上诸多参考,请勿转发! 记录可能可能有点啰嗦,自己划重点吧!! (无论是生活还是工作,如果很困惑,千万不要消极一定要勇敢积极的面对它,不用说太多懂得人自然懂,一定要解决这个疑惑就多读书吧! 书是你最好的交流对象 ---2019-04-15) 参考: 1.c/c++ int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[]) : https://blog.csdn.net/exceptional_czr/article/details/38786707 2.Co

Mybatis轻松入门（仅要求会用看着一个就够了，略过源码分析部分即可）

文章目录 ==一.概念== 二.快速入门 1.开发步骤 2.环境搭建 2.1.导入Mybatis的坐标和其他坐标 2.2.创建User表 2.3.编写实体 2.4.编写UserMapper配置文件 2.5.编写核心配置文件 2.6.编写测试代码 ==三.Mybatis核心配置文件分析== 1.Mybatis常用标签 1.1 environments标签 1.2 mappers标签 2.配置文件深入 2.1 Properties标签 2.2 typeAliases标签 3. mapper.xml

首先看K一个难看的数字

把仅仅包括质因子2.3和5的数称作丑数(Ugly Number),比如:2,3,4,5,6,8,9,10,12,15,等,习惯上我们把1当做是第一个丑数. 写一个高效算法,返回第n个丑数. import static java.lang.Math.min; import static java.lang.System.out; public class UglyNumber { public static void main(String[] args) { out.println(findKt

看了一个烟花的html作品 --引用：http://www.w3cfuns.com/blog-5444049-5404365.html

最近老大想把项目改成响应式,一直在学习没时间更新博客.今天看到一个原生的js烟花项目,感觉很好,把记下来,以后把妹用. [run]<!DOCTYPE html><html><head><meta charset="UTF-8"/><meta name="viewport" content="width=device-width"/><title>烟花</title>

NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上（locus）

首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21

poj 1988 并查集（终于看懂一个了/(ㄒoㄒ)/~~）

题意:有几个stack,初始里面有一个cube.支持两种操作:1.move x y: 将x所在的stack移动到y所在stack的顶部.2.count x:数在x所在stack中,在x之下的cube的个数. 链接:点我 /* POJ 1988 */ #include <stdio.h> #include <iostream> #include <algorithm> #include <string.h> using namespace std; ; int

关于Numba开源库（Python语法代码加速处理，看过一个例子，速度可提高6倍）

关于Numba你可能不了解的七个方面 https://yq.aliyun.com/articles/222523 Python GPU加速 (很详细,有代码练习)https://blog.csdn.net/weixin_41923961/article/details/83687809

昨天看了一个大神的fix类，清晰了然

.fix::after{ content:''; display:table; clear:both; }

入门数据结构与算法，看这一个就够了，知识点+LeetCode实战演练

本笔记来自拉钩教育300分钟搞定算法面试算法与数据结构要掌握一种数据结构,就必须要懂得分析它的优点和缺点. 在考虑是否应当采用一种数据结构去辅助你的算法时,请务必考虑它的优缺点,看看它的缺点是否会阻碍你的算法复杂度以及空间复杂度. 面试必备常用数据结构详解+例题解析(持续更新...) 数学概率线性代数论证数据结构字符串字典树后缀树数组链表单.双向链表跳舞链快慢指针队列.栈树.图最近公共指针并查集堆大小跟堆可并堆哈希表编程能力语言熟练度代码整洁思

SNP芯片的原理

Illumina的SNP芯片原理 Illumina的SNP生物芯片的优势在于: 第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一.两千人民币 Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片.扫描仪.和分析软件组成. Illumina的生物芯片,由2部分组成:第1是玻璃基片,第2是微珠. 这个玻璃基片,它的大小和一张普通的载玻片差不多大小,它起

SNP/单核苷酸多态性分析

SNP/单核苷酸多态性分析 SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态.一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因.SNP在人类基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点.有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病.单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源.进化及迁移等方面)和疾病相关基因

媲美GWAS Catalog，囊括45万人数据，778个表型，3千万个位点的公共数据库：GeneATLAS

欢迎关注微信公众号"bio生物信息" GeneATLAS的数据全部来自 UK Biobank 的452,264个英国白人样本. 总共囊括的表型有778个,位点有三千万个. 优点网站所有关联分析的summary数据都是可以下载的. 而且提供了所有表型的原始基因型数据的曼哈顿图.imputation的曼哈段图.Q-Q Plot 可以说是相当贴心了. 缺点不能下载原始基因型数据. 样本是欧洲群体,可能某些结果在其他群体有差异. 这个网站可以下载什么 1. 下载表型数据比如搜索肥胖表型,

【转】GATK使用方法详解（包含bwa使用）

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

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