目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

JDBC程序优化--提取配置信息放到属性文件中 此处仅仅优化JDBC连接部分,代码如下: public class ConnectionFactory { private static String driver; private static String dburl; private static String user; private static String password; private static final ConnectionFactory factory=new Co

对于文件比较复杂的时候,为了获取文件中的信息,需要一些比较特殊的函数,比如,getline().replace().atoi,atof等 例子一,读取以下文件中的数据,并保存进一个类里面. 首先,类的定义如下,感觉是struct,但是按照struct的处理,我这段代码出错了,不知道什么问题,暂时po出来吧,有空看看. struct ImageLabel{ std::string imagePath;//save图片路径名 ];//输入点集的最外层包络矩形rect四个参数 *LandmarkPoi

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

论文系统Step1:从日志记录中提取特定信息 前言 论文数据需要,需要实现从服务器日志中提取出用户的特定交互行为信息.日志内容如下: 自己需要获取"请求数据包一行的信息"及"OUTSTR"下一行的信息. 思路 考虑使用正则表达式提取特定信息. 示例代码: Pattern pattern = Pattern.compile("请求数据包信息:\"(.+?)\""); Matcher matcher = pattern.match

在整理照片/视频时想根据实际拍摄时间重命名文件,但 System.IO.FileInfo 只能获取到文件的创建时间或最后写入时间,不符合要求,遂寻找解决方案 方案 1: System.Drawing c#从相机拍摄的照片中提取拍摄时间 static void Main(string[] args) { var file = @"D:\image\IMG_6789.JPG"; var image = Image.FromFile(file); var propItems = image.

写了2个脚本,分别是v1版本和v2版本 都是python调用mediainfo工具提取视频元数据信息 v1版本是使用pycharm中测试运行的,指定了视频路径 v2版本是最终交付给运营运行的,会把v2版本打成exe运行 先看v1版本 import os,subprocess,json,re,locale,sys import xlwt,time,shutil #获取当前文件所在绝对目录路径 # this_path=os.path.abspath('.') # print('当前路径为----',

在讲解提取css之前,我们先看下项目的架构如下结构: ### 目录结构如下: demo1 # 工程名 | |--- dist # 打包后生成的目录文件 | |--- node_modules # 所有的依赖包 | |--- app | | |---index | | | |-- views # 存放所有vue页面文件 | | | | |-- index.vue | | | | |-- list.vue | | | |-- components # 存放vue公用的组件 | | | |-- js

摘自 Ajax获取 Json文件提取数据 1. json文件内容(item.json) [ { "name":"张国立", "sex":"男", "email":"zhangguoli@123.com", "url":"./img/1.jpg" }, { "name":"张铁林", "sex&quo

前言 标注数据导出文件是json格式的,也就是python的dict格式,需要读取标注结果,可以使用c++或者python,本文使用c++实现的. JsonCpp简介 JsonCpp是一种轻量级的数据交换格式,是个跨平台的开源库,可以从github和sourceforge上下载源码.查找资料的过程中发现另一个开源库RapidJson,有时间可以了解一下. JsonCpp使用 1.安装JsonCpp开源库: $ sudo apt-get install libjsoncpp-dev 2.根据jso

jks是JAVA的keytools证书工具支持的证书私钥格式.pfx是微软支持的私钥格式. cer是证书的公钥. 如果是你私人要备份证书的话记得一定要备份成jks或者pfx格式,否则恢复不了. 简单来说,cer就是你们家邮箱的地址,你可以把这个地址给很多人让他们往里面发信.pfx或jks就是你家邮箱的钥匙,别人有了这个就可以冒充你去你家邮箱看信,你丢了这个也没法开邮箱了 ===================== ===================== https://blog.csdn.n

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述

方法1: 原版PFX证书 openssl pkcs12 -in myssl.pfx -nodes -out server.pem 提取私钥 openssl rsa -in server.pem -out server.key 提出公钥 openssl x509 -in server.pem -out server.crt 方法2: 2.从pfx提取密钥信息,并转换为key格式(pfx使用pkcs12模式补足) (1)提取密钥对 openssl pkcs12 -in 1.pfx -nocerts

从APNIC提取IP信息 https://blog.csdn.net/nullzeng/article/details/17538009 Apnic介绍简而言之,Apnic是全球5个地区级的Internet注册机构(RIR)之一,负责亚太地区的以下一些事务:(1)分配IPv4和IPv6地址空间,AS号(2)为亚太地区维护Whois数据库(3)反向DNS指派(4)在全球范围内作为亚太地区的Internet社区的代表更详细的Apnic介绍文档请参见:http://www.apnic.net/abou