1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge.net/#links),赶紧下载安装,开始转化,结果弹出行列不一致的错误,遂放弃. 尝试了一堆无用的工具以后,想着能不能用R的write.csv来实现转化,结果顺利解决.现将示例代码演示一下: data<-read.table("/path/data.vcf",header=F)

1)背景 伴随着大规模的基因分型及测序工程的产生(例如1000 Genomes Project),之前的信息贮存格式例如gff文件它记录了每一个基因的详细信息,其中许多基因信息在基因组之间是共享的,而我们需要记录的仅仅是不同基因组之间变异的地方,因此这些格式会显得格外冗余.这就迫切需要一种新的格式来记录高效的记录这些变异信息.VCF(Variant Call Format)就是这样一种用来贮存基因序列变异信息的文本文件(通常是压缩格式). 2)VCF格式简介 VCF 格式文件包含有2部分:1)

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

Tika常见格式文件抽取内容并做预处理 作者 白宁超 2016年3月30日18:57:08 摘要:本文主要针对自然语言处理(NLP)过程中,重要基础部分抽取文本内容的预处理.首先我们要意识到预处理的重要性.在大数据的背景下,越来越多的非结构化半结构化文本.如何从海量文本中抽取我们需要的有价值的知识显得尤为重要.另外文本格式常常不一,诸如:pdf,word,excl,xml,ppt,txt等常见文件类型你或许经过一番周折还是有办法处理的.倘若遇到database,html,邮件,RTF,图像,语音

ipsw文件 提取系统文件 方法总结 由于修改运营商文件造成我的有锁4S无法使用移动卡了,在网上苦寻一番还是没有结果,最后萌生了从固件中提取文件的想法,于是便开始在网上搜集资料,最后文件终于提取成功并修复了我的问题,现在把我的经历记录一下,希望对有需要的朋友有所帮助. 注:本次提取操作全部是在ubuntu下进行的,另外附件里面有已经解密.解压过的dmg文件,可以直接在MAC或linux下挂载 1,首先到theiphonewiki网站看看你所需要的文件对应的设备及系统版本是不是已经有破译的密钥,如

转自:http://www.cnblogs.com/assassinx/archive/2013/01/09/dicomViewer.html Dicom全称是医学数字图像与通讯,这里讲的暂不涉及通讯那方面的问题 只讲*.dcm 也就是diocm格式文件的读取,读取本身是没啥难度的 无非就是字节码数据流处理.只不过确实比较繁琐. 分析: 整体结构先是128字节所谓的导言部分,说俗点就是没啥意义的破数据 跳过就是了,然后是dataElement依次排列的方式 就是一个dataElement接一个d

翻译 By Long Luo 原文链接:Android Audio: Play a WAV file on an AudioTrack 译者注: 1. 因为这是技术文章,所以有些词句使用原文,表达更准确. 2. 因为水平有效,有些地方可能翻译的不够准确,如有不当之处,敬请批评指正. 3. 针对某些语句.适当补充了上下文及更适合中文阅读,尽量做到信达雅. 假设你已经成功地了解了关于AudioTrack的一些话题.那么你可能享受它带来的优点,比如低延迟(在STATIC(静态)模式),可以生成流式音频

XML文件??? xml即可扩展标记语言,它可以用来标记数据.定义数据类型,是一种允许用户对自己的标记语言进行定义的源语言. 里面的标签都是可以随心所欲的按照他的命名规则来定义的,文件名为roi.xml <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <readingSession> <roi> <xCoord id="1">312</xCoord> <

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

现在很多找到的软件都是tar.xz的格式的,xz 是一个使用 LZMA压缩算法的无损数据压缩文件格式. 和gzip与bzip2一样,同样支持多文件压缩,但是约定不能将多于一个的目标文件压缩进同一个档案文件. 相反,xz通常作为一种归档文件自身的压缩格式,例如使用tar或cpioUnix程序创建的归档. xz 在GNU coreutils(版本 7.1 或更新) 中被使用. xz 作为压缩软件包被收录在 Fedora (自Fedora 12起) , Arch Linux , FreeBSD. Sl

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

前言 标注数据导出文件是json格式的,也就是python的dict格式,需要读取标注结果,可以使用c++或者python,本文使用c++实现的. JsonCpp简介 JsonCpp是一种轻量级的数据交换格式,是个跨平台的开源库,可以从github和sourceforge上下载源码.查找资料的过程中发现另一个开源库RapidJson,有时间可以了解一下. JsonCpp使用 1.安装JsonCpp开源库: $ sudo apt-get install libjsoncpp-dev 2.根据jso

jks是JAVA的keytools证书工具支持的证书私钥格式.pfx是微软支持的私钥格式. cer是证书的公钥. 如果是你私人要备份证书的话记得一定要备份成jks或者pfx格式,否则恢复不了. 简单来说,cer就是你们家邮箱的地址,你可以把这个地址给很多人让他们往里面发信.pfx或jks就是你家邮箱的钥匙,别人有了这个就可以冒充你去你家邮箱看信,你丢了这个也没法开邮箱了 ===================== ===================== https://blog.csdn.n

Dicom格式文件解析器   Dicom全称是医学数字图像与通讯,这里讲的暂不涉及通讯那方面的问题 只讲*.dcm 也就是diocm格式文件的读取,读取本身是没啥难度的 无非就是字节码数据流处理.只不过确实比较繁琐.好了 正题 分析 整体结构先是128字节所谓的导言部分,说俗点就是没啥意义的破数据 跳过就是了,然后是dataElement依次排列的方式 就是一个dataElement接一个dataElement的方式排到文件结尾 通俗的讲dataElement就是指tag 就是破Dicom标准里

已安装包校验 rpm -V 已安装的包名-V 校验指定rpm包中的文件 rpm -V pth没有任何提示,说明自安装后没有做过任何修改 rpm包中文件提取 比如对一个系统配置文件误操作,可以根据这个文件找到它所属的rpm包,然后再从rpm包中提取这个文件再覆盖被误操作文件 rpm2cpio 包全名 | cpio -idv .rpm包中文件绝对路径-i copy-in模式,还原-d 还原时自动新建目录-v 显示还原过程 rpm2cpio将rpm包转换为cpio格式的文件 cpio是一个标准工具,它

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述

docx 库 文章结构: 一.docx 基本用,创建 docx 文件并添加数据 二.深入理解文本格式(format),并设置所格式属性(attribute) 三.深入理解样式(styles),以及如何运用样式 四.常用样式(style)示例 一.docx基本用法,创建docx 文件并添加数据 官方文档:https://python-docx.readthedocs.org/en/latest/ docx 可以操作 doxc 格式文件 linux 安装 sudo pip install pytho

转自:http://bbs.chinaunix.net/thread-3610738-1-1.html 现在很多找到的软件都是tar.xz的格式的,xz 是一个使用 LZMA压缩算法的无损数据压缩文件格式. 和gzip与bzip2一样,同样支持多文件压缩,但是约定不能将多于一个的目标文件压缩进同一个档案文件. 相反,xz通常作为一种归档文件自身的压缩格式,例如使用tar或cpioUnix程序创建的归档. xz 在GNU coreutils(版本 7.1 或更新) 中被使用. xz 作为压缩软件包

说明: 1.手机厂商可以修改Android源码并进行编译后再生成oat格式文件在手机上存储,比如boot-okhttp.oat,boot-framework.oat. 2.自带的apk可以调用这些模块提供的自定义接口进行操作. 3.如何从oat中提取出需要smali文件并知道调用了哪些接口. 操作: 1)打开/system/framework/oat导出oat文件. 2)打开/system/framework/arm导出odex文件. 3)使用https://github.com/ManyFac

现在很多找到的软件都是tar.xz的格式的,xz 是一个使用 LZMA压缩算法的无损数据压缩文件格式. 和gzip与bzip2一样,同样支持多文件压缩,但是约定不能将多于一个的目标文件压缩进同一个档案文件. 相反,xz通常作为一种归档文件自身的压缩格式,例如使用tar或cpioUnix程序创建的归档. xz 在GNU coreutils(版本 7.1 或更新) 中被使用. xz 作为压缩软件包被收录在 Fedora (自Fedora 12起) , Arch Linux , FreeBSD. Sl