VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files. ./vcftools --vcf input_data.vcf --

当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ense

tructure是与PCA.进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP.indel.SSR.相比于PCA,进化树,群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 conda install -c bioconda admixture admixture **** ADMIXTURE Version 1.3.0 **** **** Copyright 2008-2015 **** **** David Alexander, Suyash

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86

命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME 第一个FILENAME的后缀为.ped和.map,生成的第二个FILENAME的后缀为.bed..bim..fam 参考链接: https://www.biostars.org/p/203706/

一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description=”Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed”> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Descripti

如果需要使用远端服务器的DNS:在Firefox中about:config设置 network.proxy.socks_remote_dns ==> true 参考原文:http://thinkhole.org/wp/2006/05/10/howto-secure-firefox-and-im-with-putty/加密传输的机制如下: / foo.com 浏览器 <==secure tunnel==>ssh server - bar.com \ example.com 浏览器先通过加密

目录 前言 原因 解决方法 方法一:修改样本名 方法二:修改--id-delim 方法三:加入--double_id或--const-fid参数 前言 将vcf转化为plink格式时,命令如下: plink --vcf snp.vcf --recode --allow-extra-chr --out test 出现错误: Error: Multiple instances of '_' in sample ID. If you do not want '_' to be treated as a

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

        在前几天的一个项目中,由于数据库字段的命名原因 其中有两项:一项叫做"市场价格"一项叫做"商店价格" 为了便于区分,遂分别将其命名为market_price和shop_price.对应的实体类命名于此相似.可是在后台使用Xstream将数据读出转换为对xml对象时,前台使用Extjs的ajax请求,所有其他的属性在前台都可以被解析,唯独 此二者不可解析,仔细检查了一遍也没有发现是什么原因.后来将生产的xml文件粘贴到NotePad 放大后才发现原有得

怎样使用 async & await 一步步将同步代码转换为异步编程 [博主]反骨仔 [出处]http://www.cnblogs.com/liqingwen/p/6079707.html  序 上次,博主通过<利用 async & await 的异步编程>该篇点睛之作介绍了 async & await 的基本用法及异步的控制流和一些其它的东西. 今天,博主打算从创建一个普通的 WPF 应用程序开始,看看如何将它逐步转换成一个异步的解决方案. 目录 介绍 添加引用 先创

条件: 安装好禅道的服务器 能直接浏览PDF的浏览器(或通过 安装插件实现 ) 文档转换服务程序(建议部署在另一台服务器上)     实现 原理: 修改禅道的文件预览功能(OFFICE文档其使用的是下载打开方式)为向转换服务请求PDF 转换服务收到URL后,下载该文件并调用后台服务转换为PDF,向请求者返回PDF 禅道内置的预览PDF功能直接请求浏览器预览PDF     需要修改的文件及内容 xampp\zentao\module\file\control.php xampp\zentao\mo

Android Studio快捷键switch case 轻松转换为if else 今天碰到的问题,没有找到资料,后面找到了方法,这个记下来,转载请注明出处:http://www.cnblogs.com/LT5505/p/5462820.html 原始代码如下: 随后选中“switch”,ALt+Enter同时选中,弹出对话框,选择“Replace 'switch' with 'if'”, 选中之后,点击,即可将“switch”转换为了'if'样式,如果需要转回“switch”,同样的快捷键方式

iOS各种屏幕自动适配及颜色转换为十六进制 ★★★XLJMatchScreen自动适配屏幕★★★ 支持pod导入 pod 'XLJScreenMatching', '~> 1.0.3' 如果发现pod search XLJNewFeature 搜索出来的不是最新版本,需要在终端执行cd转换文件路径命令退回到desktop,然后执行pod setup命令更新本地spec缓存(可能需要几分钟),然后再搜索就可以了. 使用方法 直接在你的.pch文件中导入文件XLJMatchScreen.h 更新记录