vmd绘制gromacs动画的轨迹文件

2024-10-17

如何用VMD将轨迹文件制作动画（转载）

转载自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html 很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画.我们接下来看看该怎么做.这里拿Gromacs举例,NAMD也差不多. 第一步: 提取轨迹. 往往轨迹文件很大,建议先提取其中的一段,或者把步长放大,提取完整的也行.利用指令:trjconv -f nvt.trr -b 0 -e 500 -o nvt_500.trr可以获得轨迹文件中从0到500 ps

OpenGL学习进程（10）第七课：四边形绘制与动画基础

本节是OpenGL学习的第七个课时,下面以四边形为例介绍绘制OpenGL动画的相关知识: (1)绘制几种不同的四边形: 1)四边形(GL_QUADS) OpenGL的GL_QUADS图元用于绘制四边形,它根据每四个顶点绘制一个四边形. 注意:在使用四边形时必需记住四边形的四个角必须位于同一个平面中(不存在弯曲的四边形). 2)四边形带(GL_QUAD_STRIP) 该图元指定一个连接的四边形带.它们都保持相同方向的环绕. 3)通用多边形GL_POLYGON 我们可以用它绘制任意数

Swift - EasingAnimation绘制圆环动画

Swift - EasingAnimation绘制圆环动画效果源码 https://github.com/YouXianMing/Swift-Animations // // CircleView.swift // Swift-Animations // // Created by YouXianMing on 16/8/16. // Copyright © 2016年 YouXianMing. All rights reserved. // import UIKit // MARK: Pu

canvas+js绘制序列帧动画+面向对象

效果: 素材: 源码:(一般的绘制方式) <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>绘制序列帧动画</title> </head> <body> <canvas id="demo"></canvas> <button type

通通玩blend美工（8）——动态绘制路径动画，画出个萌妹子~

原文:通通玩blend美工(8)--动态绘制路径动画,画出个萌妹子~ 2年前我在玩Flex的时候就一直有一个疑问,就是如何来实现一个蚊香慢慢烧完的Loading动画呢? 刚经历了某甲方高强度一个月的洗礼后,这几天刚好闲下来,这个问题又浮现在我脑海里.于是经过几番思索纠结后,我发现了一个更好玩的效果,如下: ↑点击开始只要是通过path来表示的都可以画出来哦亲~如果好好构思一下是可以实现很震撼的

JavaScript动画基础：canvas绘制简单动画

动画是将静止的画面变为动态的艺术．实现由静止到动态,主要是靠人眼的视觉残留效应.视觉残留也叫视觉暂留现象,物体在快速运动时, 当人眼所看到的影像消失后,人眼仍能继续保留其影像0.1~0.4秒左右的图像,这种现象被称为视觉暂留现象.利用人的这种视觉生理特性可制作出具有高度想象力和表现力的动画影片. 电影的拍摄和放映就是视觉残留效应的具体应用. 大家可能看过组成电影的实际胶片.从表面上看,它们像一堆画面串在一条塑料胶片上.每一个画面称为一帧,代表电影中的一个时间片段.这些帧的内容总比前一帧有稍微的变

CSS3绘制弹球动画效果

<!DOCTYPE html><html> <head> <meta charset="UTF-8"> <title></title> <style type="text/css"> *{ margin: 0; padding: 0; } .box{ width:400px; height: 400px; border: 1px solid #ccc; margin:30px aut

canvas绘制简易动画

在canvas画布中制作动画相对来说很简单,实际上就是不断变化的坐标.擦除.重绘的过程 1.使用setInterval方法设置动画的间隔时间. setInterval(code,millisec) setInterval方法html中固有方法,这个方法接受两个参数,第一个函数表示执行动画的函数,第二个参数为间隔时间,单位是(毫秒). 2.用来绘图的函数 1)通过不断变换X和Y的坐标实现动画的效果. 2)在该函数中先用clearRect方法将画布整体或者局部擦除. 擦除图像clearRect方法:

UI系统综述：iOS的图形绘制、动画与runloop

一.一条业务pipeline: 一个连接核心:coreanimation 二.两个进程: 1.app进程: 2.render进程: 首先,由 app 处理事件(Handle Events),如:用户的点击操作,在此过程中 app 可能需要更新视图树,相应地,图层树也会被更新. 其次,app 通过 CPU 完成对显示内容的计算,如:视图的创建.布局计算.图片解码.文本绘制等.在完成对显示内容的计算之后,app 对图层进行打包,并在下一次 RunLoop 时将其发送至 Render Server

利用canvas绘制序列帧动画

<!doctype html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Document</title> </head> <body> <div id="container"> <canvas id="cavsElem"> 你的浏览器不支持c

QCustomplot使用分享(八) 绘制图表-加载cvs文件

目录一.概述二.效果图三.源码讲解 1.源码结构 2.头文件 3.移动游标 4.设置坐标轴矩形个数 5.添加图表数据 6.设置折线图类型 6.其他函数四.测试方式 1.测试工程 2.测试文件 3.测试代码五.相关文章六.总结七.关于美化一.概述之前做过一款金融产品,名字叫做财联社,感兴趣的可以瞅一眼财联社-产品展示,由于需要画复杂的k线图和一些辅助的图表,我个人调研了几个绘图库,包括:QWt.QCustomPlot.QtChart和directUI.最后各方考虑,决定使用QCu

svg实现绘制路径动画

1,首先用svg绘制一条path路径,然后进行如下操作 ps: 下面是svg中两个属性及值的意义 stroke-dasharray是让你指定画出的线段每段的长度,第二个值是各段之间空隙的长度. stroke-dashoffset是让你指定每个小段的起始偏移量. var path = document.querySelector('.squiggle-animated path'); var length = path.getTotalLength(); // 清除之前的动作 path.style

绘制圆动画--重写view

/** * @FileName CircleProgressBar.java * @Package com.read.view * @Description TODO * @Author Alpha * @Date 2015-7-30 下午4:52:24 * @Version V1.0 */ package com.read.view; import com.read.cnblogs.R; import android.animation.Animator; import android.ani

H5 动画：轨迹移动 | H5游戏推金币

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CSS3绘制灰太狼动画，绝对精彩

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ADT工具使用详解

备注:一下内容为本人手工翻译官方文档注解,如有翻译不到位的地方,欢迎批评指正; ADT(Android开发工具)是Eclipse的插件,它提供了一套与Eclipse IDE集成的工具.它可以让您访问许多功能,帮助您快速开发Android应用程序.ADT提供对许多命令行SDK工具的GUI访问以及用于快速原型设计,设计和构建应用程序用户界面的UI设计工具. 因为ADT是Eclipse的插件,您可以获得一个完善的IDE的功能,以及与ADT捆绑在一起的Android特有功能.以下介绍Eclipse和AD

增强采样软件PLUMED的安装与使用

技术背景增强采样(Enhanced Sampling)是一种在分子动力学模拟中常用的技术,其作用是帮助我们更加快速的在时间轴上找到尽可能多的体系结构及其对应的能量.比如一个氢气的燃烧反应,在中间过程中会产生众多的反应产物,但是我们光从结果来看的话,就是从\(H_2\)加\(O_2\),经过燃烧以后变成了\(H_2O\),那么中间的过程就被我们全部忽略了.实际上化学反应是一个整体的过程,是非常复杂的,如果要控制一个化学反应的过程,或者制备某个中间态的产物,或者需要提升最终预期产物的占比,我们不得

MATLAB中绘制质点轨迹动图并保存成GIF

工作需要在MATLAB中绘制质点轨迹并保存成GIF以便展示. 绘制质点轨迹动图可用comet和comet3命令,使用例子如下: t = 0:.01:2*pi;x = cos(2*t).*(cos(t).^2);y = sin(2*t).*(sin(t).^2);z = t;comet(x,y,0.1); %绘制二维%comet3(x,y,z,0.1); %绘制三维这有一个问题在于comet或comet3无法控制绘制的动画的速度,为了实现这一点,一个可行的方法是重写comet和comet3,在每

JavaScript动画实例：曲线的绘制

在“JavaScript图形实例:曲线方程”一文中,我们给出了15个曲线方程绘制图形的实例.这些曲线都是根据其曲线方程,在[0,2π]区间取一系列角度值,根据给定角度值计算对应的各点坐标,然后在计算出的坐标位置描点,从而绘制出曲线. 我们可以将曲线的绘制过程动态展示出来. 例如,对于星形线的绘制,编写如下的HTML代码. <!DOCTYPE> <html> <head> <title>星形线的绘制</title> </head> &l

Gromacs文件-Chapter1

Gromacs的文件非常的多,这是官方文档地址:http://manual.gromacs.org/online/files.html. 本文章部分内容来自以下网址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508 下面我仅做一简述,涉及到PDB,GRO,MDP的文件内部结构不在此介绍,而是单独开篇. 参数文件: mdp:其他篇单独讲解 m2p:暂时没用到结构文件: gro:GROmacs format g96:gromacs-96 format pdb:Protein

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