这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理,并补充了一些没有提到的重要参数,希望大家不会踩坑. 1. 简介 1.1 背景 WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法,可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系,因此在基因组研究中被广泛应用. 相比于只关注差异表达的基因,WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并

构建 CDN 分发网络架构 CDN的基本目的:1.通过本地缓存实现网站的访问速度的提升 CDN的关键点:CNAME在域名解析:split智能分发,引流到最近缓存节点

Chainer是一个专门为高效研究和开发深度学习算法而设计的开源框架. 这篇博文会通过一些例子简要地介绍一下Chainer,同时把它与其他一些框架做比较,比如Caffe.Theano.Torch和Tensorflow. 大多数现有的深度学习框架是在模型训练之前构建计算图. 这种方法是相当简单明了的,特别是对于结构固定且分层的神经网络(比如卷积神经网络)的实现. 然而,现在的复杂神经网络(比如循环神经网络或随机神经网络)带来了新的性能改进和新的应用.虽然现有的框架可以用于实现这些复杂神经网络,但是

网络程序应该注册成为系统服务,以保证其自启动以及稳定可靠运行! 这一场,讲讲怎么建立一个生产级别的网络服务. 老规矩,先上源码:https://github.com/nnhy/NewLife.Net.Tests 系统服务功能,由网络库的兄弟框架,X组件的Agent来支撑,以前也叫XAgent,网上搜索 NewLife XAgent 可以找到不少文章. XAgent在X组件里面很年轻,才10年,设计于2008年,上海陆家嘴. 〇.最终效果 先来看看最终效果,大家也可以telnet net.newl

1)将vcf转化为plink格式,假定输入的vcf文件名为:17893893-17898893.vcf,也可以参考链接:将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态 /vcftools --vcf 17893893-17898893.vcf --plink-tped --out 17893893-17898893 /plink --tfile 17893893-17898893 --recode --out 17893893-17898893 2) 用PLINK确定要研究的位点是否

不知道有没有人和我一样,觉得自建的东西是互联网上的"自留地".私人空间,有一种自己的一亩三分地随心所欲的痛快. 比如自建的博客想写什么随笔就写什么,不用取悦读者可以自娱自乐:再比如自建的 wiki 有不会的知识点就可以直接记录,不用担心被嘲笑低级.抛开共建这块不聊,Wiki 不同于博客的随性,记录的内容更注重知识点和分类,可以用来构建自己的知识网络. 如果把博客比作"日记本",那 wiki 就是"笔记本"它用来记录知识点,方便用时查阅和更新,有清

前言 最近在参加一个比赛,使用到了区块链的开源软件hyperledger,由于之前从未接触过区块链,以及和区块链开发相关的内容,所有在网上查阅了大量的资料,并且通过学习yeasy(杨宝华)开源的入门书籍区块链技术指南以及进阶学习的<区块链原理.设计与应用>,对区块链的一些相关概念有了一定认识.这里记录的是我安装hyperledger fabric的所有步骤,同时也是一个快速搭建单机环境的参考教程. 准备好机器环境 本人的区块链网络部署在VMware搭建的ubuntu16.04的环境下(推荐使用

TensorFlow对我来说,是一个陌生的框架,又很复杂,学起来不是很容易,需要找到合适的方法. 今天从tf.zeros入手,这个函数最简单,但是知道它的源码在哪里吗?后来我发现github上也有很多ts的文档,很有用,可以看一下:https://github.com/tensorflow/docs/blob/master/site/en/api_guides/python/nn.md,Defined in tensorflow/python/ops/array_ops.py.但是为什么可以直接

Date: 2019-06-09 Author: Sun 我们分析格言网 https://www.geyanw.com/, 通过requests网络库和bs4解析库进行爬取此网站内容. ​ 项目操作步骤 创建项目文件夹 --geyanwang ---spiders # 保存我们爬虫代码 ---- geyan.py # 爬虫的代码 ---doc # 操作步骤说明文档 创建虚拟环境 cd geyanwang/ virtualenv spider --python=python3 # 创建venv虚拟

cdn基本架构: CDN的基本目的:1.通过本地缓存实现网站的访问速度的提升 CDN的关键点:CNAME在域名解析:split智能分发,引流到最近缓存节点

文章目录 wgcna入门-雌性小鼠肝脏表达数据的网络分析:寻找与体重有关的模块 1 数据输入和清洗 1.1 加载基因表达数据 1.2 数据清洗 1.3 加载临床特征数据 2 建设表达网络与模块检测 2.1 自动一步构建网络与模块检测 2.1.1 软阈值的选择:网络拓扑分析 2.1.2 一步构建网络与模块检测 2.2 其他检测算法 3 筛选与表型相关的模块 3.1 量化模块-特质关联 3.2 基因与性状和重要模块的关系:基因重要性和模块成员 3.3 模内分析:鉴定具有高GS和MM的基因 3.4 网

目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低(Nature Biotechnology) 2017年8月:GWAS解析大豆重要性状网络(Genome Biology) 2018年8月:中国国审大豆品种中黄13的基因组完成(Science China Life Science

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi

本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图 Cytoscape所支持的数据格式:1.*.sif格式:  nodeA<interaction>nodeB  nodeC<interaction>nodeD  …即文件分为三列,第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等,第二列是相互作用的名称*.sif格式简单,容易处理,但它不能规定每个节点的位置.大小.形状等.2. xgmml格式,它是一种xml格式,可以规定节点和边的许多信息,但也更复杂.3.*.txt格式:用tab分

目录 研究一:G19833组装,2014NG 研究二:BAT 93组装,2016 genome biology 菜豆属(Phaseolus L.)为同源二倍体作物,包含有80 多个物种,多数为野生种,仅有5 个栽培种,分别为普通菜豆(P. vulgaris L.).多花菜豆(P. cocineus L.).利马豆(P. lunatus L.).丛林菜豆(P. dumosus L.)和宽叶菜豆(P. acutifolius L.),其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广.栽培面积最大.食用人群最多.

简介 在上一篇博客:数据挖掘入门系列教程(十点五)之DNN介绍及公式推导中,详细的介绍了DNN,并对其进行了公式推导.本来这篇博客是准备直接介绍CNN的,但是想了一下,觉得还是使用keras构建一个DNN网络,然后进行一定的分类操作,这样能够更加的直观一点. 在这篇博客中将介绍: keras的基本使用 使用keras构建DNN对MNIST数据集进行预测 使用前准备 这次我们将使用keras库去构建神经网络,然后默认使用tensorflow作为后端,我是用的python库版本如下: keras:v

简介 在上一篇博客:数据挖掘入门系列教程(十一点五)之CNN网络介绍中,介绍了CNN的工作原理和工作流程,在这一篇博客,将具体的使用代码来说明如何使用keras构建一个CNN网络来对CIFAR-10数据集进行训练. 如果对keras不是很熟悉的话,可以去看一看官方文档.或者看一看我前面的博客:数据挖掘入门系列教程(十一)之keras入门使用以及构建DNN网络识别MNIST,在数据挖掘入门系列教程(十一)这篇博客中使用了keras构建一个DNN网络,并对keras的做了一个入门使用介绍. CIFA

构建调试Linux内核网络代码的环境MenuOS系统 一.前言 这是网络程序设计的第三次实验,主要是学习自己编译linux内核,构建一个具有简易功能的操作系统,同时在系统上面进行调试linux内核网络代码.这次实验跟着老师给的指导资料以及和同学们的讨论,最终总算顺利做完. 二.实验步骤 1.下载Linux内核源代码并进行解压 https://cdn.kernel.org/pub/linux/kernel/v5.x/linux-5.0.1.tar.xz #资源#解压 xz -d linux-5.0

目录 R语言构建蛋白质网络并实现GN算法 1.蛋白质网络的构建 2.生物网络的模块发现方法 3.模块发现方法实现和图形展示 4.附录:igraph中常用函数 参考链接 R语言构建蛋白质网络并实现GN算法 1.蛋白质网络的构建 我们使用与人类HIV相关的蛋白质互作数据hunam-HIV PPI.csv来构建这个蛋白质互作网络. 在R中,我们可以从存储在R环境外部的文件读取数据.还可以将数据写入由操作系统存储和访问的文件. R可以读取和写入各种文件格式,如:csv,excel,xml等. 想要读取c

Java 构建p2p网络 这篇文章是一篇关于pbft算法实现的一篇补充文章,但是在这里不会涉及pbft的算法方面,所以可以当做一篇单独的文章食用.如果想查看关于区块链或者PBFT算法的文章,可以参考一下我的文章. 文章实现范围 这篇文章是构建一个p2p网络,需要拥有独立的ip地址(当然如果是在局域网内使用就无所谓了),不会涉及到内网穿透的一些实现方法,也就是说如果你是把自己电脑构建了一个p2p结点,则其他人的电脑是无法链接你电脑的结点的. 预备知识 p2p网络中,一个结点既是客户端也是服务端,可